国民党政府定都南京后，开始了一系列的所谓“改革”。当时，西学东渐，西医向中医的挑战日渐严重。时任国民党中央执行委员的褚民谊(留洋时获得医学博士学位)及其后台———时任行政院院长汪精卫，借此大做文章，鼓吹全盘西化。曾留学日本学习西医的、时任国民政府内政部卫生专门委员会委员余云岫，是废止中医派的代表人物。他把中医等同于巫术，必欲清除而后快。

1929年2月，国民党中央卫生委员会在南京召开第一次会议。会上，在褚民谊的授意及主持下，通过了余云岫等提出的《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》，提案极其荒唐地把贫穷落后的旧中国医药卫生事业的不发达归咎于中医。

此案一出，人们群情激愤。中医界空前大团结、大觉醒，在全国掀起了一场声势浩大的“反废止”风潮。

国民政府没料到会造成如此轩然大波。当时正值召开国民党第三次代表大会，叶楚伧、李石曾等政府要人亲自接见了请愿代表并表示慰问。这迫使卫生部不得不公开表示对中医并无歧视，并面允代表：该提案虽获通过，但暂不执行；改称中医为国医；同意成立“中医学社”。

国民政府的口头表态并没有付诸实施，反对中医的政策丝毫没有改变，废止中医一直在以变相的手法进行着。不久，教育、卫生两部通令中医在诊病时，禁止参用西药及器械；中医学校降格为中医传习所或中医学社，不准用学校的名称，以限制中医人才的培养；中医医院改为医室等。

事情在关键时刻出现转机。据当年四大名医之一施今墨先生之子施小墨先生介绍，当时情况非常危急，中医的命运岌岌可危，其父施今墨先生正多方寻求支持。适逢汪精卫的岳母患恶性痢疾，每天腹泻十几次，请遍了当时著名的西医治疗，都没有什么效果，病人已经到了奄奄一息的地步。此时，有人向汪精卫推荐施今墨先生。刚开始汪精卫怎么也不同意。后来为了治好岳母的病，汪精卫别无他法，只好请施先生诊治。

当晚，施今墨便赶赴为汪精卫的岳母诊治。施先生仅凭把了一下脉搏，便找到了汪精卫岳母的病症，说到她的症状时，每言必中，使汪精卫的岳母心服口服，频频点头称是。

施先生当即为她开了10天的汤药，随后汪精卫的岳母问：“先生何时再来为我复诊?”施今墨这回并没有像往常一样谦虚地说“试试看”，而是坚定地告诉她：“您就安心服药，3天后痢疾就会停止，5天后您的胃口就会好转，10天后您就痊愈了，不必复诊”。病了这么多天了，怎么可能一诊即愈呢?汪精卫和岳母都半信半疑。可病情真的如同施先生说的一样，渐渐好转，10天后，汪精卫岳母的病果然痊愈。这时，汪精卫才相信中医之神验。

为了答谢施先生的救命之恩，汪精卫特意亲自题字送匾。但施先生没有收下汪精卫送来的匾，而是提出一个要求：“既然您肯定中医能治病，请您收回‘取消中医’的决定。”当时汪精卫没有立即表态，但此后他对“取消中医”的态度不再坚决。

但在1931年1月，国民党中央执行委员会又以全国医药团体总联合会不符合法律强令解散，再次激起中医药界的愤怒。2月1日，中医界在上海召开临时代表大会，有17个省市223个团体的457位代表参加。这时的中医界已清醒地认识到行政地位的重要性，于是明确提出中西医平等待遇，中医参加卫生行政，中医药改称国医国药，编纂中医药辞典及教科书等，并再次派代表到南京请愿。这次请愿的规模和声势较前一次更大。

直到1935年11月召开国民党第五次代表大会，以冯玉祥为首的82名代表再次提出：政府应对中西医一视同仁，尽快公布《中医条例》；国家医药卫生机关增设中医；允许设立中医学校。

几经磨难的《中医条例》终于在1936年1月22日正式颁布，标志着中医在医药卫生系统中取得了合法地位。一场“取消中医”的闹剧最终以失败收场。