甲骨重新出土是在光绪己亥年(1899年)河南安阳县以西2.5公里的小屯村。有农人挖掘田地里凸起的土堆，发现一些龟甲、骨片，和泥土粘在一起，结成泥团，洗去泥土后，甲片上竟然出现了文字。农民毕竟不认识这些东西，以为是不值钱的东西。

后来传说这种龟甲磨成的粉末可以止血，很是灵验。消息传开，安阳附近的商人，都到小屯村收购龟甲、骨片，再贩卖给药店和剃头匠。龟甲、骨片上面有文字，看不懂，当时的人们以为是天然形成的，称之为“龙骨”。

甲骨在出土后的很多年中，一直被当作“龙骨”被消耗着、破坏着，直到被国子监祭酒王懿荣发现。他是个学者，对古代金石文字素有研究，他发现了甲骨的文物价值和文化价值，于是花每片2两银子的重金把药店里的龙骨全买了。也正因为如此，甲骨也就成为了另一些人眼中的“摇钱树”。

山东潍县有个古董商，叫范寿轩。他听说此事后，便把从安阳弄来的12块甲骨以每块2两银子的价格全部卖给王懿荣。就在买下范寿轩的甲骨后不久，1900年5月，八国联军入京。作为京师团练大臣的王懿荣坐镇拒敌，以身殉国。王懿荣被称为“甲骨文之父”。

自从外国人进入中国，他们很快发现了甲骨这种珍稀的文物。首先，是传教士收集甲骨，由于京津一带久乱不安，山东潍县成为国内最大的甲骨市场。一批批珍贵的殷墟甲骨，由安阳小屯村运到这里，再由这里的传教士倒卖给外国人。

在西方传教士中，加拿大长老会驻安阳的传教牧师明义士利用地利之便，搜集了大量的甲骨、铜器等古文物。据他在1917年所作《殷墟卜辞》一书自序中称，他所藏甲骨已有5万片之多，成为收藏甲骨最多的外国人。现在加拿大存有7802片甲骨，主要就是他运出去的。

1928年到1937年，国民政府中央研究院历史语言研究考古组对小屯村一带进行了长达10年15次的考古发掘，仅获24900片。可见甲骨在此前散佚之烈。

王懿荣以身殉国后，他所收藏的1500多片甲骨大部分转送其好友、《老残游记》的作者刘鹗。 1903年，刘鹗从中选出1000余片，拓印成《铁云藏龟》，第一次将甲骨文资料公开出版。

当时古董商为垄断财源，对甲骨的出土地向来秘而不宣，所以甲骨的出产地一直是个秘密。另一位甲骨学者罗振玉首先把这个秘密给破解了。他亲自到安阳小屯村一带实地考察，还在当地收购甲骨，共得甲骨30000余片，成为国内收藏甲骨最多的人。 1913年，罗振玉精选2000多片编成《殷墟书契》出版，为甲骨学研究奠定了基础。

罗振玉在他搜集的甲骨中.发现刻有商王朝先公、先王的名字，证实了小屯村就是《史记》中所说的“洹水南，殷墟上”的殷墟所在地。再后来，学者王国维对甲骨卜辞中所见的商代诸先王、先公，对照《史记》记载作了详细的考证，证实了《史记》中《殷本纪》的可信性。

甲骨出土后的数十年间，盗卖现象十分猖獗。山东潍县为盗卖中转站，数以万计的甲骨在此进进出出，倒运出国。

1937年抗日战争爆发，明义士所任教的齐鲁大学西迁四川，他匆匆将所藏甲骨精品筛选装箱，航运加拿大，那些来不及带走的则封存于齐鲁大学。济南陷落后，这批万余片的甲骨一夜之间突然失踪。不久，罗振玉在1940年死于旅顺。

抗战胜利后，1945年9月，中共山东省胶东区党委派遣一批干部到大连接管原属日本的企业。在远东榨油厂发现一只神秘的大铁箱，打开发现里面竟存有84盒1234片甲骨。这批甲骨正是十多年前不知下落的罗氏藏甲，被日寇劫掠又来不及运走的。后来这批藏甲在1950年时转归山东省博物馆，罗氏藏甲才真正找到了归宿地。

虽然这批数量不少的甲骨未能让日本人劫去，但日本在侵华期间掠夺的甲骨之多，已使其成为劫掠甲骨最多的国家。据统计，日本现藏甲骨共12443片。

日本投降后，齐鲁大学迁回济南。 1952年，该校英籍代校长林仰山交出一张难以辨识的英文草图，终于在齐鲁大学绿荫区内找到了明氏所藏的大批藏甲。当年因怕日军掠夺，明义士把这批甲骨埋到一位教师宿舍的地下室，并绘制了两份埋藏图，正本由明义士收存，副本交林仰山保管。这批装了140多箱的甲骨共8080片，有字的3668片。

据1984年的统计，经过长久的战乱，一共流出国外的甲骨26700片，被日、加、英、美、德等12个国家所藏。国内及港台地区共藏甲骨127904片。