太平天国医疗卫生组织，在国家制度上，有一定的组织，已经形成为一种正规化的制度。它可分为朝内、军中、居民三个系统。

　　朝内医疗卫生组织，设殿前国医一人，「为典内医之首」〔一〕，也是国家卫生工作最高的负责人，故「属官至多」〔一〕。太平天国丙辰六年七月前，任国医的是素精医理参加金田起义的补天侯李俊昌。在国医之下，设天朝督内医四员，职同指挥。开朝掌医四员。专治外科，也职同指挥。又内医四员，职同将军。内医七员，职同总制。又内医七员，职同临军。朝内拯危急一员，职同将军。留朝内诊脉医生九员，职同军帅〔二〕.

　　军中医疗卫生组织，各军设内医四员，治内科，职同总制，又内医十四员，职同军帅恩赏检黠督医将军一员，掌医二十五员，治外科，职同总制。拯危急一员，职同监军，属官无数，皆治外科，主疗受伤的人员〔三〕。这个数目相当大，以恩赏检黠督医将军官职最高，当是各军的卫生工作领导人。其中可看出一个特黠，即外科人员的配备可算得是坚强的，除二十五人外，还有拯危急，并且「属官无数」。太平军每军实际人数为二千五百人，以二十五个外科医生计算，每百人中就有一个外科医生，这是一个很健全的医疗机构了。此外尚有理能人，就是护理病人员，其员数无定额，其主要工作是料理伤病员的茶饭汤药。又设功臣一员，主管军中药料〔一〕。

　　民间医疗卫生组织，天京各街道设医生六十员，职同军帅〔二〕。这六十个医生是专给天京人民治病的，每逢初一、十五都到督内医衙黠名〔三〕。这是一种例会，以便检查人数，指导工作等。这时候，天京行供给制，这一种医疗制度，就是一种公医制度。

　　在朝内官中设有医骡马一员，即马医，专医天京马疾〔四〕。军中有无专设马医，情况不详。

　　关於药品，在行营规矩第五条特别规定，不得「搜操药材铺户」,使战时药材商人照常营业，药品的供应，得以源源不绝。到建都天京后，在天京实行公有制度，城中大小药店。均归公有，在红纸郎大街设立总药库，由内医专管〔五〕。其药品用分配制度供应〔六〕，详细情况不详。