1904年8月，康有为流亡瑞典，当他从报纸上得知翁同龢不幸病逝的消息，立即作诗一首，在其序中说：“戊戌为中国维新第一大变，翁公为中国维新第一导师。”这首诗写完的第二年，科举制度结束。现在看来，翁同龢之死意味着士大夫阶层就此离开了中国的政治舞台，而康有为等的努力以及最后的惨败更是说明了士大夫阶层在中国的还原已属不可能。他们只能沦落为知识分子、学者之类。

翁同龢于1898年6月开缺回原籍常熟。9月光绪帝被囚，“六君子”被杀。12月，西太后降旨，翁同龢永不叙用。这一段永不叙用的岁月是士大夫阶层边缘化，最终消失的开始。戊戌政变后，西太后想害死光绪帝，捏造光绪帝病危的消息，在常熟，每当翁同龢听到这方面的传闻，总是“瞻望宸极，魂神飞去”。“睡梦中如闻霹雳”。1900年，八国联军进攻北京，西太后挟持光绪帝仓皇逃往西安。消息传来，他说自己“惊心动魄，肝肠飞跃”，“中怀如捣”，担忧王朝命运和光绪帝的安危。

1903年对翁同龢来说，是十分悲伤的一年。正当他在政治上寂寞和黯淡的情绪日益加重的时候，与他相依为命的侄儿曾荣“忽而殂谢”，接着是妾陆氏的去世，贤侄、爱妾的相继去世，使他“洎然无依”，“老怀忧伤”，“夜雨秋灯，梨花落尽，孤影幢幢，坐尽残更人意冷，寂寞与谁共语”?1904年夏，他从报纸上看到日俄开战的消息，他终于病倒了，在行将辞世之际，他头脑清楚，一反七年来的沉默，向守候在身边的亲属口占一绝：朝闻道，夕可死矣，今而后，予知免夫。

翁同龢一生中最重要的一件大事就是组织和参与了戊戌变法。1895年康有为发动“公车上书”，翁同龢读后“大为佩服”，不顾自己一品大员的身份，私访康有为，积极支持康有为变法，两人谈得十分融洽。随后翁同龢A在光绪帝面前力荐康有为，谓“康有为之才过臣百倍，请皇上举国以听”。可以说如果没有翁同龢对光绪帝启迪、诱导以及对康、梁辈的奖掖提携，变法维新运动恐怕甚难迅速展开。

辛亥革命后，一些前清旧臣遗老认为如果当年戊戌变法成功，断不致有今日亡君之一幕。因此，愈加思念翁同龢。翁同龢在朝四十多年，以帝师之尊，枢臣之重，参与了洋务运动、中法战争、中日甲午战争和戊戌变法等晚清政坛上的一系列重大历史事件。

1904年7月4日，地处江苏东南的古城常熟，位居虞山脚下，一处名为“瓶庐”的寓所里，一位生命将近的老人，向守候身边的亲属口占一绝：六十年中事，伤心到盖棺；不将两行泪，轻与汝曹弹。这四句诗中不仅有他也有我们这些后人的苦楚。