宋朝编辑出版了大量医药书籍，传播医药文化。仁宗时，两次集中校刊医书。一○二六年（天圣四年）编辑出版了王惟一的《铜人腧穴针灸图经》三卷，并在汴京刻石。又铸铜人，刻画经穴传授。九七八年（太平兴国三年），王怀隐主编《太平圣惠方》一百卷，按一千七百二十九种症状，收集一万六千八百三十四份处方，分一千六百七十门类编排，在九九二年（淳化三年）和一○八八年（元祐三年）先后出版。太宗雍熙年间，贾黄中等人编辑《神医普救方》达一千卷之多。徽宗时，曹孝忠主编《圣济总录》二百卷，收录药方二万多，已雕板而不及付印，北宋亡。金军占领汴京时取走书板，后在金、元刊刻。

　　神宗元丰中，诏令各地名医进特效药方，由太医局通过试验，证明可用后，按方制药，在太医局熟药所出售，并把药方出版，公诸于世。徽宗大观时，陈师文等又进行订正，凡录二百九十七药方，分二十一门，这就是有名的《和剂局方》。局方的出版是北宋后期医学中的一件大事。局方所收的都是复方，这是我国古代第一部由国家颁发的配方手册。岳珂说：“《和剂局方》乃当时精集诸家名方，凡几经名医之手，又经太医局内臣参校，可谓精矣。”《和剂局方》一书后来曾不断增补，在宋朝风行一时。

　　北宋医学已分九科，即：大方脉（内科）、风科、小方脉（儿科）、产科、疮肿兼折伤（外科）、眼科、口齿兼咽喉、针灸、金镰兼书禁（金链也属外科，书禁指祝由科等类）。

　　宋代医学上的成就，以儿科为最著。北宋中叶，钱乙著《小儿药证直诀》三卷，钱乙专研儿科四十多年，对儿科常见病都有比较准确的治疗方法，已能鉴别痘疹和其他发热病不同。南宋初，刘昉等人编《幼幼新书》四十卷，同时还有《小儿卫生总微论方》二十卷，收集儿科病例比较全面。前者对婴儿保育方法、新生儿病和小儿发育异常等都有详细的记载。后者举出小儿脐抽风和成人的破伤风属同一种病，是诊断学上很大的发明。又对小儿缺唇的缝合和小儿骈指的切断，也创我国医学上的先例。

　　妇产科在宋代也有进展。哲宗时，杨子建著《十产论》，记载了横产（手先露或臂先露）、倒产（足先露）、偏产（额先露）、碍产（脐带攀肩）等不同类型，并说明如何使胎位转正的各种方法，是我国古代产科学上的著名文献。南宋陈自明著《妇人大全良方》二十四卷，也是一部妇产科的重要专著。

　　南宋出现了病因学的著作。陈言著《三因极一病证方论》十八卷。三因是把疾病发生归纳为三种原因：

　　一种是由于气候影响的疾病，叫做外因病；一种是由于情感关系而得的疾病，叫做内因病；还有一种是由于饮食关系或外伤引起的病叫不内不外因病。当然这种分类法还欠完善，但病因学的出现，说明南宋在医学研究上跨进了一步。南宋末，施发著《察病指南》，绘有脉影图，也是一项医学上的成就。

　　一二四七年（淳祐七年），宋慈著《洗冤集录》五卷。这是总结宋和宋以前的法医学知识，包括杀伤、验尸、检骨和死伤的鉴别，服毒致死的毒物介绍，和救死方的记载等。其中合血法和滴骨法，有一定的道理。

　　金代医学的发展，分为三期：海陵王以前为前期，世宗至章宗泰和时为中期，章宗泰和年以后为后期。

　　前期医学的代表是成无己的工作。成无己原为北宋开封名医，后随金军北上，为权贵携居临演。他的工作主要是对《内经》、《伤寒论》等古典医书作注释。由于成无己名望很大，所以他的著作受到当时的重视，开金代研究医学的风气。中期医学的代表是刘完素和张元素两人，《金史·刘完素传》说他“好用凉剂，以降心火，益肾水为主。”赵秉文《闲闲老人滏水文集》也说：“本朝大定间，河间刘守真号完素，精干《素问》，多用凉药，以矫一时之弊。”所以后世称刘为寒凉派。《金史·张元素传》说：元素“平素治病不用古方”，“古方新病，不相能力”，自为家法，独树一帜。后期医学的代表是张从正和李杲。张从正，字子和，他去世时金朝还没有亡。李杲则进入元代。张从正继承了刘完素的学术思想又有所发挥。他用古医书的汗下吐法，用得很精，号称“张子和汗下吐法”。他力主去邪而用攻法，所以后世称他为攻下派。张从正晚年颇不得志，他自己写了一首诗，说“酷嗜医经五十年，野芹曾献紫宸前，而今憔悴西山下，更比文章不值钱。”李杲是张元素的学生，他有两部医学名著，一是《内外伤辨惑论》，二是《脾胃论》。元好问为《脾胃论》作序，说：“往者遭壬辰之变，五六十日之间，为饮食劳倦所伤而没者将百万人，皆谓由伤寒而没。”“壬辰之变”即指《金史·哀宗纪》所载的天兴元年（一二三二年）五月“汴京大疫，凡五十日，诸门出死者九十余万人，贫不能葬者不在是数”，是一次大的流行病热症。李杲以为不是伤寒，用治伤寒的方法是错误的。他通过治疗实践创内伤学说。元好问说李杲撰“脾胃论丁宁之，下怯千载之惑。”李杲以为“内伤脾胃，百病由生。”用温补脾胃之法治之。后世称之为补土派（脾于五行属土）或温补派。

　　元朝医学在宋金医学的基础上又有所进步。其中有成就的可推朱震亨、危亦林等人。朱震亨，婺州义乌人，著有《格致余论》、《局方发挥》等书。他多受刘完素和李杲的影响，但并不拘泥于他们的学说。他主张“阳有余而阴不足”，创“滋阴养火”方法。后世称他为滋阴派。他所用的有些药剂如大补阴丸、琼玉膏等，到现在还流传服用。刘完素的寒凉派、张从正的攻下派、李杲的补土派和朱震亨的滋阴派，号称金元医学的四大学派。金元医学四大家继承了传统的医学体系，但又各自体现了这时期的时代特征。朱震亨的《局方发挥》是批评北宋的《和剂局方》，认为局方的缺点是按经验办事，“官府守之以为法，医门传之以为业，病者恃之以立命，世人习之以成俗”，没有考虑到产生疾病的新的因素。“集前人已效之方，应今人无限之病”，势必要发生问题。这对墨守成规的人是确切的批评。

　　危亦林是伤科专家，著有《世医得效方》二十卷（一三四三年）。在本书第十八卷中有“用麻药法”，是世界上用麻醉药治病的较早记录。

　　本草学的发展在宋元是一个高潮，尤其是北宋更为突出。本草学不仅是药物学，它还包含了植物学、动物学、矿物学等知识，是宋元自然科学全面发展的标志之一。

　　九七三年（开宝六年）刘翰、马志等修《开宝本草》二十卷，比唐《新修本草》增加药物一百三十三种。仁宗时掌禹锡等又修本草，一○六一年（嘉祐六年）成书，称

　　《重修政和经史证类备用本草》书影

　　《嘉祐本草》，又增加药物一百种。次年，苏颂在这基础上撰《图经本草》二十卷，是刊本本草有图之始。一○九二年（元祐七年）陈承又将这两书合并，并加注释，成《重广补注神农本草并图释》二十三卷。唐慎微又添加药物六二八种，撰《经史证类备急本草》三十二卷。徽宗大观年间和政和年间又加增订，世称《大观本草》与《政和本草》，广为流传。政和时，寇宗爽撰《本草衍义》二十卷，辨正药物四百多种。南宋时，出现了彩绘本的本草著述，现传有《履峂岩本草》。元朱辕撰《大元本草》，“欲广本草以尽异方之产”书稿未刊，现存有许有王的一篇序文，收在《至正集》内。

　　《图经本草》中丰富的植物学知识，来自各植物药产地人民的长期调查研究。对植物形态，一般按苗、茎、叶、花、实、根依次叙述。已知苗茎是同类。对于茎，已能分别“苗如藤蔓”的缠绕茎，“蔓延草木之上”的攀缘茎，和“其茎如筋”的直立茎。对于时，已能区别叶序，凡对生叶序叫做“两两相对”；轮生叶序叫做“叶作层，每层六七叶如车轮”；丛生叶序叫做“叶青碎作丛”。

　　一般为互生叶序。对叶缘也予注意。对于花，则花萼、花托、花蕊、子房、花序等都有详略不同的记载。花的颜色说得最为详细。《本草衍义》记载石南花说：“正二月间开花。冬有二叶为花苞，苞既开，中有十五余花，大小如椿花，甚细碎，每一苞约弹许大，成一球，一花六叶，一朵有七八球，淡白绿色，叶末微淡赤色，花既开，蕊满花，但见蕊不见花。”对花的观察如此细致，与现在的植物志相比，也无逊色。对于果，一般叫荚子或子，子又叫人（仁），大部是对种子而言。还有角（果）、核（果）、荚果等名称。白瓜也以果实为名，这和现在叫瓠果的意思相同。

　　宋朝还有很多植物专谱，这也和本草学的发达有关。其中以欧阳修的《洛阳牡丹记》，陈翥的《桐谱》，蔡襄的《荔枝谱》，王观的《芍药谱》，刘蒙的《菊谱》和南宋韩彦直的《橘录》最为著名。这些专谱分别总结种植的经验，记载某种植物的品种、性状、栽培技术、防治病虫害、果实的加工和贮藏方法等。和园艺学有关的著述，有南宋陈景沂的《全芳备祖》。

　　北宋时已观察到植物通过嫁接可以产生变异的现象。《图经本草》中关于牡丹的记载，说“圃人欲其花之诡异，皆秋冬移接，培以壤土，至春盛开，其状百变。”一○八二年（元丰五年），周师厚详细叙述了花的四时变接法。刘蒙论菊花时说：“岁取其变者以为新”，是知道变异与形成新种有关。沈括《梦溪笔谈》中已接触到植物生态学的领域，即植物生态因素与气候、地形、湿度和高度有关。和沈括同时的陆佃，记载了枣树根部用绳缚紧可使枣子自落的方法，已观察到植物生理学有关的一些现象了。

　　动物学知识方面，《图经本草》内观察到乌贼“八足聚生，又有两须”，与近代定为十腕类相符。又记载动物的生活史，如穿山甲食蚁，牡蛎的“蛎房”如山以及螳螂的产子等，都比以前的记录生动而具体。《本草衍义》断定河豚实有大毒，校正了《神农本草经》的错误。又论■鱼“腹重坠如囊”。寇宗夷“尝剖之，中有三小蟹，又有四五小石块，如指而许，小鱼五七枚。”则已知道通过解剖观察动物的食性。元王惲撰《宫禽小谱》介绍十七种鸟类的形态，是我国较早的论鸟类的专书。

　　《图经本草》中还记载了紫铆（即紫胶虫）分泌紫胶的现象。关于五倍子，北宋著述中说：四川等地有一种虫叫蟆子，它寄生在盐肤木树背阴处，春天生子，卷叶成窠，大如桃李。其寄主及生活状况几乎和现在所知相同。南宋开始人工饲养白蜡虫，并有关于白蜡虫的生活史的记载。紫胶、五借子、白蜡都是现代某些工业上需要的原料。

　　《图经本草》中还记有采珠砂时对矿床的认识叫珠砂床，并有岩石断口特征的描写。沈括对石膏结晶体的观察，已经从原有形态、色泽及将石膏加热后的变化等各方面都作了分析。可见当时人们对某些物质的研究已不只从表面现象去观察，而且进一步注意到内部结构了。

　　《图经本草》载有动物化石的资料。元丰年间，孔武仲的诗集和南宋初杜绾的《云林石谱》都记录了鱼化石。江西武宁保存有北宋时代所发现的一块化石的实物，形状象竹笋，上面有黄庭坚的题诗。黄庭坚说它是笋石。经考定为中华震旦角石，是一种动物化石。沈括曾注意到植物化石与古地理和古气候的联系，这种思想是很进步的。