蒙哥时，高丽王子王倎来朝，未返。中统初年，高丽国王王瞰死。赵壁、廉希宪建议送王碘归国，立为国王。忽必烈采纳这个建议，派兵送王似归国即位，更名王植。忽必烈把高丽作为元朝的属国，按照成吉思汗的定制：“凡内属之国，纳质、助军、输粮、设驿、编户籍、置长官。”一二六八年（至元五年），忽必烈严令王植在高丽制造可载四千石的海船一千艘，供备元军东侵日本。元朝对高丽的控制和榨取，引起高丽朝野的不平。一二六九年（至元六年），林衍废王禃立其弟淐为国王。忽必烈得报，派头辇哥领兵扶植王植复位。头辇哥进据高丽王都，命脱脱朵儿充任高丽达鲁花赤。这时，林衍已死。高丽三别抄军首领裴仲孙等拥立王植庶族王温为国王，迁入珍岛（南全罗道），坚持抗元斗争。林衍废王植时，高丽统领崔坦、李延龄等以西京（平壤）五十余城来附于元，元改西京为东宁府，属辽阳行省。

　　一二七一年（至元八年），坚持在珍岛抗元的军民被元将忻都击败。余部在金通精率领下，逃往耽罗。一二七三年（至元十年）忻都部追至耽罗，擒金通精等。三别抄军的抗元斗争遭到镇压而失败。一二七四年（至元十一年），王植死，子愖立（后改名賰，又改名昛），娶忽必烈女忽都鲁揭里迷失公主为妻，进一步加深了高丽国王对元朝的依附关系。高丽被迫更改官职名号，凡省、院、台、部等与元朝廷相类的官号，都予改换。又派遣贵族子弟二十人作为质子，到元朝“入侍”。一二八○年（至元十七年）元朝在高丽创设驿站。一二八一年，元朝向高丽征发军士万人，水手万五千人，战船九百艘参与远征日本的战争。元军所经之处，人民不堪其扰。一二八二年（至元十九年）王昛以日本侵扰边海郡邑，请求元朝发兵戍守金州。一二八三年，元朝在高丽正式设置征东行中书省，以王昛与蒙古军将阿塔海共领行省事。

　　成宗大德元年（一二九七年），王昛传位于其子謜。明年，元朝以僭擅罪废謜，再立昛为国王。一二九九年，成宗复立征东行省，以阔里吉思为高丽行省平章事。阔里吉思骄横贪暴，对高丽的官制、仪礼、民户版籍和赋税刑罚都横加干预，认为“若依本俗行事，实难抚治”。这种无理的干涉引起人民的极大愤慨。一三○一年，成宗被迫撤销了行省的建置。