一五八二年，张居正死后，内阁大学士张四维继任首辅。神宗这时年已二十，遂亲自过问朝政，企图有所作为。

　　张居正实行新政，触及豪民权贵的利益，执政时已屡遭攻击和非议。他交通太监冯保，得到两宫太后的礼重，神宗也对他视如师保。神宗渐长，对张居正的专擅，渐有不满，被张居正罢黜的反对新政的言官，也在伺机报复。

　　张居正死后当年十二月，御史江东之弹劾司礼监太监冯保专擅威福、欺君蠹国及贪污受贿等十二罪，关连到张居正家人游七，涉及居正。神宗将冯保贬为奉御，安置南京。陕西道御史杨四知因上疏劾张居正“贪滥僭奢，招权树党”，神宗诏令“姑贷不究，以全终始。”次年正月，南京刑科给事中阮子孝又上疏弹劾张居正“各子滥登科第，乞行罢斥”。首辅张四维上疏代辩，说“居正诸子所习举业，委俱可进。惟其两科连中三人，又皆占居高第，故为士论所嫉，谤议失实”。（《神宗实录》卷一三二）神宗不听，自批“都教革了职为民”。三月，大理寺将查议冯保案有关人员的狱词送呈。神宗阅后，诏夺张居正上柱国太师等封号和谥号。言官群起上疏，弹劾张居正，并及居正荐引的官员。礼部尚书徐学谟，被劾党附居正，诏令致仕。辽东名将李成梁也被劾“附居正饰功”。兵部尚书张学颜疏辩成梁战功非妄，也因而被劾，自请致仕。驻守蓟镇的名将戚继光被调驻广州，抑郁而死。

　　明宗室荆州辽王宪■在穆宗时因奉道教被废。一五八四年四月，王妃奏陈张居正谋陷亲王，霸夺产业，势侵金宝。神宗命司礼监太监张诚前往荆州张居正家，查抄家产，籍没入官。居正长子敬修因被拷掠追查金宝，自缢而死。内阁首辅申时行与诸大臣合疏请缓，张居正死后调任刑部尚书的潘季驯上疏力救，诏留空宅一所，田十顷供养居正八旬老母。不久之后，潘季驯也被言官弹劾“党庇居正”落职为民。

　　原内阁首辅张四维于一五八三年四月因父丧归里，不久死去。申时行继任首辅，荐引吏部侍郎许国为礼部尚书兼东阁大学士入阁。自御史至给事中等言官，弹劾朝官，仍不休止。被张居正罢免又得复任的言官，自不免挟嫌报怨。新进的言官则以弹劾锋锐博取守正君子之名，冀得升进。都察院复参张居正，神宗诏定的罪名是“诬蔑亲藩，侵占王坟，钳制言官，蔽塞朕聪，私废辽王，假丈量田地，骚动海内，专权乱政”（《国榷》卷七十二）。张居正推行新政，恃有两宫太后的支持，不顾言官的反对，遇事专行当是事实。辽王妃的控告，触及宗室藩王的利益，更加激怒神宗。张居正籍没家产，史家认为，不及严嵩的二十分之一。（《明史纪事本末》卷六十一）但比起前朝首辅张璁的“持身特廉”，自不免相形见绌。言官弹劾他接受馈遗，当也有据。不过，神宗夺谥后，言官群起，迎合帝意，以投机取宠，弹章多有望风扑影，虚事夸张。沈德符《万历野获编》即指出“江陵（张居正）身后，攻之者寻敝索瑕，以功为罪”，又说：御史杨四知弹劾张居正贪侈，诸公子打碎玉碗玉杯数百只，这些事有谁见到？（《万历野获编》卷九，补遗卷二）御史丁此吕弹劾礼部右侍郎高启愚主持南京科试，曾出试题“舜亦以命禹”，是劝张居正篡位。神宗将高启愚削籍为民。内阁首辅申时行说丁此吕是“以暖昧陷人大逆”，吏部尚书杨巍请调丁此吕出朝。御史江东之、李植因首先弹劾冯保，得神宗信任，交章弹劾申时行、杨巍“阻塞言路”。申、杨上疏以辞官力争，神宗不得已，诏准杨巍之议，调丁此吕出朝。内阁大学士许国尤为愤慨，连上三疏求去，说：“昔日颠倒是非在小人，今乃在君子（指言官），党同伐异，罔上行私。”内阁诸臣与江东之为首的言官，逐渐形成对立。

　　明朝言官谏官之设，原为对皇帝行诤谏，对各级官员实行监督和纠察。但自世宗议大礼以来，朝官与言官结纳朋比，相互攻讦，弹章成为彼此攻击的工具。张居正死后，言官又掀起风浪，自诩为君子，以指摘官员瑕疵为能事，致使有大功者不能受赏，有小过即被迫辞官，朝中纷争动荡，难以正常施政。神宗也已看到言官的消极作用，曾在一个诏书中说：“言官论人，须当审事实，参详公论。若不谙事实始末，不分人品高下，辄肆诋诽，大臣将人人自危，岂成政体！”（《神宗实录》卷一三三）神宗亲政后，亲自批答奏疏，但由于追查张居正，仍不免轻信弹章，言官诋诽之风因而难以遏止。言官由攻击张居正，进而攻击居正荐引的官员，又进而攻击新任的阁部诸臣。神宗亲政的几年间，言官的弹章纷至沓来，朝官的抗辩，接踵而上。这些奏章又往往是空话连篇，强词夺理，真伪混杂。意在有所作为的年轻的神宗，陷入无休止地批览章奏和臣僚纷争之中，难以自拔了。

　　神宗显然受到豪门权贵的影响，在诏书中曾指责张居正丈量田地使海内骚然，但仍然继续实行官吏考成之法，改革赋役的一条鞭法也还在各地继续推行。神宗鉴于张居正的专擅，有意收揽大权，削弱内阁，但由于陷入朝臣纷争之中，有心勤政而难以勤政。亲政四年，便怠于政事。一五八六年秋，自称“一时头晕眼黑，力乏不兴”，宣示免朝。这年以后，即以多病调摄为名，很少上朝，也不再召见大臣。奏疏仍由神宗亲览，却往往“留中”，不作处理。皇帝独揽大权而又怠于政事，阁臣言官相互攻讦，明王朝的政局日益陷于纷乱昏暗之中。

　　神宗怠政以来的几年间，青海、宁夏和四川播州等边境地区即相继爆发了反明的战乱。

　　一、青海蒙古之乱

　　被称为鞑靼的蒙古诸部，自达延汗死后，由其子孙后裔分别统领，划地而牧。俺答汗雄踞河套及土默特，最为强盛。俺答汗与明朝实现封贡，边境大体安定。一五八一年，俺答汗病死、年七十七岁。子辛爱黄台吉嗣位称彻辰汗。一五八三年，明廷敕准袭封顺义王。两年后病死，子扯力克继汗位，明廷再封顺义王。俺答汗晚年，军政大事均由出自阿尔秃斯的次妻三娘子（原名不详）参与处置。辛爱与扯力克先后收继三娘子为哈敦，佐理国政、与明朝修好。明廷敕封为忠顺夫人。《明史·鞑靼传》说她主兵柄，部众畏服，“自宣大至甘肃不用兵者二十年”。

　　俺答汗占据西海后，由其子丙兔驻牧，守护仰华寺。一五八八年，丙兔子真相，进据青海莽剌川。达延汗第四子巴尔苏博罗特的后裔火落赤驻青海捏工川，联络巴尔苏的另一支后裔、驻牧阿尔秃斯的卜失兔起兵反明。一五九○年六月，真相、火落赤等率四千骑攻入明境，围攻旧洮州古尔占堡。明兵来战，蒙军四散。明岷洮副总兵李联芳分兵追逐，陷伏身亡。把总、千总以下多人战死。火落赤得势，又邀约顺义王扯力克率三千骑渡河，至临桃以张声势。声言向明境进攻。七月，火落赤攻掠河州，明临洮总兵刘承嗣抗御失败，伤亡甚众。蒙军攻掠二十余日，西陲震动。神宗不得不召见阁臣问计。内阁诸臣对边事均不甚了了。首辅申时行请推一大臣经略。神宗命兵部会推，遂以曾任宣大山西总督的兵部尚书郑洛为右都御史经略陕西四镇及宣大山西边务。八月，敕谕暂停顺义王扯力克的市赏二十万两。

　　郑洛受命西行，十月又奉敕兼任陕西总督。十一月，郑洛至兰州，奏报说：火落赤等的相犯，是以莽剌和捏工川为据点，河套声援是由甘肃入青海。因晓谕不准径行塞内，否则督兵堵截。次年正月，郑洛督军在甘肃水泉营边墙，截击卜失兔部，斩首八十八级，获得全胜。蒙兵五千七百余帐，被逐出塞外。二月，郑洛遣总兵尤继先率兵至莽剌川，大败火落赤部，斩首五百余级。火落赤、真相北逃。郑洛招谕顺义王扯力克北归。三月，扯力克离西海北归，向明朝谢罪，请复贡市。郑洛自西宁入青海追击残敌，召回当地藏族等居民八万余人复业。又在西宁布署防戍后还朝。

　　郑洛出兵，获得全胜，明廷议功，加少保。言官又群起攻击，指摘郑洛放归顺义王，是没有“除凶雪耻”，欺罔误国。郑洛被迫称病辞官归里。

　　二、宁夏之乱

　　青海战乱之后，随即爆发了宁夏副总兵哱拜父子的反乱。

　　谈迁《国榷》称哱拜为“黄毛虏”，当是黄头回鹘，即今裕固族人。嘉靖时投明，为都指挥使，进参将。一五八九年，以副总兵致仕，子承恩袭职，为宁夏卫指挥。一五九一年，郑洛调集宁夏驻军去甘肃平乱。宁夏巡抚党馨命指挥土文秀率千人往援。哱拜自请率子承恩从征。平乱后，党馨不为哱拜叙功，而核查他冒粮之罪。土文秀及哱拜义子哱云等也因未得升赏，心怀不平。承恩因强娶民女被党馨杖责，更加怨愤。一五九二年二月，党馨与督储道兵备副使石继芳克扣应发兵士三年的冬衣布花银，只给一年。党馨曾被张居正指为“刻而且暴”，诸军久怀怨恨。哱拜遂唆使军锋刘东旸、许朝等起事，杀党馨及石继芳。总兵官张惟忠自杀。刘东旸自称总兵，承恩、许朝为副总兵，哱云、土文秀为左右参将，共奉哱拜为主。总督尚书魏学曾遣使招降，刘东旸等要求世守宁夏。

　　哱拜部下连续攻掠中卫、广武，明守臣或降或走，河西四十七堡相继陷落。叛军渡河，指向灵州。三月，总督魏学曾命副总兵李昫代摄总兵官进军平乱，收复河西诸堡。哱拜父子向河套地区的鞑靼卜失兔部求援。卜失兔率三千骑来宁夏，与哱拜合兵。哱云引卜失兔攻平虏堡。明伏兵射死哱云，卜失兔败逃出塞。明援军到来，兵分六路，包围宁夏镇城。叛军坚守，不能下。四月，明廷自宣大调任李成梁之子李如松为提督陕西军务总兵官，浙江道御史梅国桢监军，领兵来援。又任朱正色巡抚宁夏，甘肃都御史叶梦熊协力平乱。五月，明廷特赐总督魏学曾上方剑，违令者立斩。六月，叶梦熊自甘州携带神炮火器四百车至灵州。浙江巡抚常居敬募兵千人，自办军粮，来援宁夏。梅国桢、李如松统领辽东、宣大山西兵来聚集。明军声威大振。明军攻宁夏城月余，仍不能下，七月，魏学曾被劾免职，由叶梦熊代为总督，仍持剑督军。

　　叶梦熊下令决黄河水淹灌宁夏城，又派人去乱军施计离间。九月，刘东旸、许朝诱杀土文秀，哱承恩又诱杀刘、许，斩首悬挂城上，开城投降。哱拜自缢而死。叶梦熊、朱正色、梅国桢等率部进城，尽杀哱拜部下降人二千，押送哱承恩至京师处死。

　　明廷此次平乱，调集北南军兵，历时半年，付出了沉重的代价。宁夏城被围，城中乏食，死亡无数。叶梦熊决河灌城，城外水深八九尺，居民付出的牺牲，也是巨大的。

　　三、播州杨应龙之乱

　　明属四川的播州（遵义），处在四川与贵州交界地带。唐代曾被南诏国彝族占领，太原人杨端夺取其地，世代占有，至明初已传袭二十一世。明太祖灭夏国，杨氏降明。明朝建播州城，在当地实行土司制度，设宣慰司，杨氏世袭宣慰使，统辖草塘、黄平西安抚司，真州、播州、余庆、白泥、容山、重安六长官司。杨姓以外共有七大姓均与杨氏结为姻亲，世袭各级土官。

　　穆宗隆庆五年（一五七一年），杨应龙袭职为播州宣慰使，成为杨氏第二十九世土司。明廷加授他都指挥使衔。杨应龙对播州各族人民的统治极为残酷，茅瑞徵《万历三大征考》说他“在州专酷杀树威，有小睚眦即杀害，人人惴恐”。并且渐轻朝廷，居室用龙凤，又违制擅用宦官。

　　一五九○年，贵州巡抚叶梦熊疏论应龙凶暴诸事，巡按陈效历数应龙二十四大罪上奏。明廷正调播州土兵去协守松潘，四川巡按李化龙上疏请暂免斟问，候应龙戴罪图功。杨应龙妾田雌凤，谋杀嫡妻张氏，妻叔张时照与所部何恩、宋世臣等上变，告杨应龙谋反。贵州巡抚叶梦熊主张立即派兵征剿，四川士大夫纷纷为其说情，认为“蜀三面邻播，属裔以十百数，皆其弹压，且兵骁勇，数赴征调有功，剪除未为长策”。（《明史纪事本末》卷六十四）四川巡抚、巡按也都主张招抚。朝廷命黔蜀两省会同查问。杨应龙愿赴蜀，不赴黔。一五九二年，杨应龙到重庆接受审讯，论法当斩。明廷随后又命释放。

　　万历二十一年（一五九三年）正月，巡抚都御史王继光到重庆，严提勘结，杨应龙抗不复出。王继光一意主剿，与总兵刘承嗣、参将郭成等议分三军并进。在娄山关一带地方，明军战败，都司王之翰所部被杀伤大半，只得撤兵。

　　次年三月，明廷以兵部侍郎邢玠总督贵州。一五九五年邢玠到四川招抚，准杨应龙输四万金赎罪，又以重庆太守王士琦为川东兵备使，防备杨应龙。

　　杨应龙对明廷输金赎罪，暗中却积蓄力量，图谋割据称王，令州人称己为千岁，子朝栋为后主。（李化龙《平播全书》卷四）分遣土目置关据险，设立巡警，劫掠屯堡。又厚抚苗族兵士，用以摧锋，名为“硬手”军。

　　杨应龙经过几年准备，一五九八年十一月起兵攻掠贵州洪头、高坪、新村诸屯。又侵湖广四十八屯，阻塞驿站。次年二月，贵州巡抚江东之命都司杨国柱等率兵三千进剿，大败，杨国柱战死。明廷闻讯大惊，任都御史李化龙兼兵部侍郎节制川、湖、贵三省兵事，并增调浙江、福建、云南、广东等地部队前去会剿。

　　六月，杨应龙乘明兵尚未会集，攻陷綦江。他退屯三溪，以綦江之三溪、母渡，南川之东乡坝，立石为播界，号“宣慰官庄”。

　　明神宗得报綦江失守，罢免原四川、贵州巡抚谭希思和江东之，命总督李化龙便宜征讨。

　　一六○○年春，各路明军陆续抵达川贵两省，李化龙急速部署出剿，分八道进兵。四川方面分为四路，总兵官刘綎由綦江，总兵官马孔英由南川，总兵官吴广由合江，副将曹希彬由永宁。贵州方面分为三路，总兵官童元镇由乌江，参将朱鹤岑由沙溪，总兵官李应祥由兴隆。湖广方面一路，分两翼，总兵官陈璘由偏桥，副总兵陈良玭由龙泉。每路有兵三万，由官兵与各土司兵组成。

　　杨应龙认为明军八路，以刘綎部最为精锐，命子朝栋率劲兵迎击，被刘綎军战败，各路明军乘势猛攻，四川方面攻下形势险要的娄山关。贵州、湖广出发的明军，攻下乌江一线，逐渐缩小了包围圈。到五月十八日，八路明军会集于遵义北的海龙囤下，分批猛攻。海龙囤是杨应龙的老巢，地势险峻，直到六月五日才被攻下。杨应龙自缢死。其子朝栋，弟兆龙等被俘，解至京师处死。

　　明军自出师到平定杨应龙，前后历时一百十四天，斩杀甚众。当地各族人民由于杨应龙的叛乱遭到惨重的灾祸。乱平之后，明廷在播州地区实行“改土归流”。废除土司的世袭制度，改依内地地方官制，由明廷直接派遣官吏“流官”统治。原属四川省的播州地区设置二府二州八县。遵义府属四川，下辖真安州及遵义、桐梓、绥阳、仁怀四县；平越府属贵州，下辖黄州及余庆、瓮安、湄潭三县。改土归流后，遵义、平越二府加强了与周邻地区的联系，促进了各族人民之间的经济文化交流，对于当地的开发与进步，还是有益的。（清雍正时，遵义改属贵州省）