清初期，承袭未入关前的旧规，以满洲特有的旗制为其本部骨干，基本上按明代制度统治汉人。直到雍正、乾隆两朝，才逐步调整，得以比较稳定下来。中央机构设置如下：

　　一、内阁

　　顺治十五年（公元1658年）七月，清王朝参照明制，改内三院为内阁。大学士改加殿、阁头衔，称“中和殿大学士”、“保和殿大学士”、“文华殿大学士”、“武英殿大学士”、“文渊阁大学士”、“东阁大学士”（乾隆十三年去掉中和殿，增入体仁阁，成为三殿三阁）。大学士的品级改为正五品，这也是参照明制，怕大学士权力过重，而特降低其品秩，借以抑制。这时的内阁，虽具有掌握最高政权的中枢机关的雏形，但因大学士降低了品秩，又减少了办事人员，所以其权任反较顺治初年之内三院为轻了。

　　内阁大学士的品级，到雍正八年（公元1730年），满、汉俱定为正一品。至此，大学士成为清王朝最高的官员，犹如历朝的丞相。《清史稿·大学士年表序》说：

　　清大学士满、汉两途，勋高位极，乃以相授……其品列皆首文班。任军机者，自亲王外，其领袖者必大学士，唐、元三公尚不及也。

　　这说明清代大学士的地位是极为尊崇的。

　　协办大学士，犹如宋之参知政事，为大学士之副职。初期未有定额设置，遇有大学士在内廷行走或奉差在外，才另选人员协办阁务。早在雍正元年至五年间（公元1723—1727）有署大学士，六年（公元1728年）又有额外大学士。十年至十三年（公元1732—1735年）再设协理大学士。到乾隆四年（公元1739年）才有协办大学士，以后并改为常设。其品级比大学士稍低，从一品。

　　内阁学士的品级为从二品，均兼侍郎衔（乾隆五十八年以后去兼衔）。其职掌是：满学士掌奏本章，汉学士掌批“题本”（内外官员汇报皇帝之文书）。若依其应有权任，并不仅于此。如康熙二十一年（公元1682年）谕：“学士乃参赞政事之官，如有所见，应行启奏。近来并无与议者，若惟送本接本，用一笔帖式足矣，何必设立学士？此后各有所见，俱令敷陈。”①虽有此谕，可是一般学士仍按步就班，作一些例行之事而已，远不如军机章京职责之重。

　　内阁人员的额数，据《大清会典》、《清史稿》等书的记载，规定为：大学士满、汉各2人，协办大学士满、汉各一人，学士满6人、汉4人，典籍满、汉、汉军（编入八旗之汉人）各2人，侍读学士满4人，蒙、汉各2人，侍讲满10人，蒙、汉、汉军各2人，委署侍读无定员，中书满70人，蒙16人，汉30人，汉军8人，帖写中书满40人，蒙古6人（以上各员额时有增减），撰文中书无定员，供事62人，总人数为288人（委署侍读是由典籍内派委、撰文中书是由中书内派委，都不占额数）。

　　内阁乃诸曹总汇之区。其职掌据《光绪会典》卷2载：“掌议天下之政，宣布丝纶、厘治宪典，总钧衡之任，以赞上理庶务。凡大典礼，则率百寮以将事”。其具体的职务有：

　　第一，掌议政事，宣布纶音（皇帝的诏令）。

　　内阁为正一品衙门，位在六部之上。大学士“位尊望重”，其职务首先是议政事，宣布纶音。阁臣常在皇帝的左右，充当顾问。他们不但对答政事中的疑难问题，而且为皇帝办理公文，草拟谕旨。内阁所承办的公文有制、诏、诰、敕、题、奏、表、笺。据《光绪会典》卷2载：

　　凡纶音之下达者，曰制、曰诏、曰诰、曰敕，皆拟其式而进焉。凡大典宣示百寮，则有制辞。大政事、布告臣民，垂示彝宪，则有诏，有诰。覃恩封赠五品以上官，及世爵承袭罔替者，曰诰命。敕封外藩、覃恩封赠六品以下官，及世爵有袭次者，曰敕命。谕告外藩及外任官坐名敕、传敕，曰敕谕。

　　内阁为丝纶重地，每日钦奉上谕，由军机处承旨，凡应发钞者，皆下于内阁。此外，内阁还负责记载纶音，所载事项分为三册：凡每日发科本章，满汉票签处当直中书摘记事由、详录圣旨者分为一册，称为“丝纶簿”；特降谕旨者分为一册，称为“上谕簿”；中外臣工奏折，奉旨允行，及交部议覆者，分为一册，称为“外记簿”。三册存放内阁，以备参考。

　　第二，办理本章。

　　内阁的日常事务，是为皇帝办理本章。《内阁志》中说：“大学士于军国，事无不统，其实每日所治事，则阅本也。”《皇朝文献通考》卷80载，大学士的职务主要也是办理本章。清代内外官的本章可分为通本和部本两类。凡各省将军、督抚、提镇、学政、盐政、顺天府尹、盛京（今辽宁省）五部本章，俱通过通政司再送内阁，称为“通本”；在京六部及各院、府、寺、监衙门本章，称为“部本”。通本到阁后因无满文部分，先由汉本房将其贴黄翻译为满文，转满本房校阅，缮写清楚粘贴于后。部本原系满、汉文合璧，与译好的通本一并交汉票签处。由中书草拟票签，经侍读学士校阅，由大学士审阅后，交满、汉票签处缮写满、汉文正签。经内奏事处进呈御览；皇帝批阅后，交批本处，汉学士批汉字于正面，翰林满人中书批满字于反面，至此成为“红本”。接着是下达执行：由满本房领出交红本处，每日六科给事中来处承领，到科后抄发各衙门执行；每年终，由六科给事中回缴红本处，转交典籍北厅，再入红本库保存。此外，内阁还处理部分奏折。

　　第三，办理典礼祭祀的有关事宜。

　　凡是比较隆重的典礼和祭祀，如皇帝登极、立后、祭天地、祖宗等，都由内阁办理。《光绪会典》卷2载：

　　凡大祀、中祀，前期书祝版。奉神位于坛庙，则视镌与其饰青。制册宝亦如之。皇帝登极则奉诏，授受大典，奉宝亦如之。册立册封则授节。命将出师，授敕印亦如之。文武传胪则奉榜。凡大朝会、进表，则展表所宣焉。

　　第四，组织修书，存贮档籍。

　　纂修史籍，本是翰林院职掌。顺治初，以翰林院分隶内三院，修书各馆，也附设于内三院。康熙以后，虽分设翰林院，但各书修纂，仍以内阁大学士任监修总裁官，学士则分兼副总裁、总纂、纂修等职。此外，内阁还负责档案典籍保藏。在东华门内置红本、实录库，这是清政府重要的档案库。另外还收存揭帖。《光绪会典事例》卷14载，“雍正七年（公元1729年）议准，各省题奏本章，俱增写揭帖一通，送起居注馆，俟记注后，将揭帖转送内阁收存。”内阁收存最大量的档案是红本，其他还保存实录、圣训。

　　内阁的内部设有典籍厅、满本房、汉本房、蒙古房、满票签处、汉票签处、诰敕房、稽察房、收发红本处、饭银处、副本库、批本处等机构，分掌各项事务，其设官员额及具体职掌分别如下：

　　典籍厅：是内阁的秘书部门，有学士10人（满6人，汉4人）、典籍6人（满、汉、汉军各2人），供事22人。此外侍读学士、侍读、中书等兼在典籍厅办事者，由大学士派委，无定员。其办事之所，分南、北两厅。南厅职掌有四：

　　（一）掌关防。内阁无印，对外行文，用典籍厅关防。

　　（二）收发及办理文稿。各衙门来文，直送两厅，再按事务性质分送各房。

　　（三）官员考绩事务。负责对侍读、典籍、中书等官的考绩。

　　（四）管理“吏役”事务。考取助理事务的“供事”及管辖皂役等事。

　　北厅职掌也有四项：

　　（一）掌奏章。拟办陈事请旨之奏本及进贺表等。

　　（二）办理大典事务。即关于大典礼的筹备应办事项。

　　（三）用宝洗宝。请用国家宝玺及岁终封宝日洗宝事务。

　　（四）收藏红本图籍，并收贮表章等。

　　满本房，或称满本堂或满洲堂。有侍读学士2人，侍读4人，中书39人，贴写中书24人，供事3人，共72人（均为满员）。掌校阅题本的满文部分，管理内阁大库及皇史宬的收藏事务。如收贮实录、圣训、起居注、史书、方略及经略将军的印信等物。收发和每日向皇帝进呈实录，增修王公世爵谱册以及缮写各项满洲文字。

　　汉本房，又名汉本堂，有侍读学士4人（满、汉各2人），侍读5人（满3人，汉2人）、中书42人（满31人，汉军8人，汉3人），贴写中书16人（都是满员），供事3人。其职掌为收发通本，翻写贴黄及各项应翻为满文之文书，如上谕、碑文、册宝、祝版应译为满文者均属之。故又有翻译房之称。

　　蒙古房，又称蒙古堂，有侍读学士2人，侍读2人，中书16人，贴写中书16人（以上均蒙员）。掌翻译蒙、回、藏等各种文字以及外国来文。凡遇有各藩部陈奏事件及表文，皆译出具奏。凡颂扬各藩部诰敕、碑文、匾额以及奉旨特交事件，俱由蒙古房译出缮写。并管理蒙古实录，圣训。凡外国文字，如俄国照会，即召翰林院俄罗斯馆官员至房翻译。西方各国来照，即召西洋馆官员翻译。

　　满票签处，有侍读3人（满员），中书22人（满20人，蒙古2人），贴写中书8人（满员）、供事4人，此外尚有委署侍读（满员）若干人。满票签处掌校阅满文本章并撰缮满文票签，皇帝出巡时，发递本报。京内外官员的奏折，经皇帝批阅，应交在京各衙门知道或办理的，由军机处交满票签处，传知各衙门钞回办理。

　　汉票签处，有侍读2人，中书27人（以上均汉员），供事4人。此外有委署侍读若干人。掌校阅汉文本章，撰缮汉文票签；撰拟御制文字，如制、诏、诰、敕、册文、祝文、封号等。

　　诰敕房，康熙十年（公元1671年）始设诰敕房，隶汉本房兼管。专司校勘和收发诰敕。凡汉票签处撰拟诰敕，由诰敕房审核，缮定正本，用宝颁发。封赠诰敕，按定式刊刻存储，凡用时交中书科填写，经诰敕房校阅颁发。

　　稽察房，雍正五年（公元1727年），令各部院衙门将每日事件已结、未结情由声明送内阁，于月底汇齐奏报，这时始设稽察房①。其职官由大学士于满、汉侍读、中书内派委，无定员。额设供事4人，凡交部议复事件，按日记档，俟各部院移会到时，逐一核对，分别已结、未结，每月汇奏一次，叫“月折”。每日军机处发出满、汉文谕旨，由满票签处移至稽察房存储，至月底，缮写满汉文合璧奏折汇奏，称为“汇奏谕旨”。

　　收发红本处，又称红本处、收本房。康熙、雍正、乾隆三朝《会典》均未见记载。《嘉庆会典》始有此名称。约成立于乾嘉年间。司员由大学士于满、汉中书内派委，无定员。凡批过的题本，交由红本处每日发给六科传钞，年终缴回汇集，贮入红本库。

　　饭银库，又称饭银处，其司员由大学士于满洲侍读、典籍、中书内派委，无定员。专掌收支内阁司员饭银。这种饭银由各省总督、巡抚及布政使咨送。分配办法是：大学士每日银三钱，以下官员递减，至中书每日银六分，以充飧食费用②。

　　副本库，约成立于乾嘉年间，《嘉庆会典》始有此名。其司员由大学士于满、汉中书内派委，无定员，掌收题本之副本。乾隆以前，每到年终收藏副本，都派汉票签处的中书送存皇史宬厢房，年久贮满，无地存收，才另设副本库。

　　批本处，乾隆以前称“红本房”，设于宫廷之内。其司员有满洲翰林院官1人（于翰林各职事内选用），中书7人，掌进本之收发与批本事务。每日进本，由满票签处中书送交批本处，由批本处送内奏事处进呈，待发下以后，批本处照皇帝阅定满文签，用红笔批于本面，再交满票签处中书带回内阁，遇有改签及“折本”，皆存记档案，按日交发办理。

　　清内阁自天聪十年（公元1636年）设内三院起，至宣统三年（公元1911年）止，掌握国政有270多年之久，但其势力不是始终如一的，是屡有演变的。初设内三院时，尚在关外，并有议政处分其权。那时只是初具规模。入关后，为加重内三院之职权，明命条陈政事或外国（对外）机密或奇特谋略，都由内三院转奏。并定内三院品级与六部同（先是低六部一级）。顺治十五年（公元1658年），正式改为内阁，只是沿袭明代官制，并不是加强内阁职权，相反却降低大学士的品级（正五品），减少了它的职官人数，其权势反而低于内三院。顺治十八年（公元1661年）再改回内三院，大学士品级又同于六部。康熙九年（公元1670年）恢复内阁，大学士兼尚书。康熙亲政后，军国机要，始终归内阁。至雍正八年（公元1730年），大学士升为正一品，在各部尚书之上（尚书为从一品），当时虽已设军机处，但任军机大臣者，除亲王外，其首领必是大学士，所以当时的大学士是勋高位极，因称内阁为“宰辅”。至乾隆二年（公元1737年），再设军机处后（军机处停设了二年），机要章奏都下到军机处。凡军国要务，都要由军机大臣承旨出政，内阁之权便轻，只是办理一些例行事务。赵翼在《檐曝杂记》中说：“军机处，地近宫廷，便于宣召。为军机大臣者，皆亲臣重臣，于是承旨出政，皆在于此矣。”《清史稿·大学士年表序》说：“雍正以后，承旨寄信有军机处。内阁宰辅，名存而已。”原来具有宰相身分的内阁大学士，成为进爵的虚衔，内阁便沦为办理例行政务、颁发文告的机关。光绪二十七年（公元1901年）八月改题为奏，内外臣工的奏章，一般都采用奏折。改题为奏后，各省督抚就不须把题奏事件的副本交通政司转送内阁了，内阁便成了“闲曹”。这时的内阁公署，仅成了储存档案之所。宣统三年（公元1911年）四月，另组西欧式的责任内阁，旧内阁废。

　　二、军机处

　　清初沿明旧制，“章疏票拟，主之内阁。军国机要，主之议政处”①。到雍正七年（公元1729年）因西北用兵，往返军报频繁，内阁距内廷太远，皇帝不便亲授机宜，故在这年元月，在内廷设立军机处，其全称为“办理军机事务处”。初设时名为“军机房”，雍正十年（公元1732年）改名办理军机处。

　　军机处是分割内阁之权，所以说它是“内阁之分局”。军机处在清代统治了180余年，成为大政所出的宰辅之区。它的体制特殊，职官简炼，有官而无吏。它的全部工作，由军机大臣主持，军机章京办理。

　　军机大臣俗称“大军机”，分设满、汉员，由满、汉大学士、各部尚书、侍郎、总督等奉特旨应召入值，为兼差，人员无定额；由亲王或大学士满、汉各一员为首领，当时称为“揆首”、“领袖”。依清制，亲王不能入军机。嘉庆四年一月，曾以军机处事繁，命成亲王永瑆在军机处行走。同年十月，又以“非祖制”罢值。至咸丰三年（公元1853年）以后，始有亲王任军机大臣。初期，凡应皇帝召见商议政务，或依皇帝旨意起草诏谕等，均为领班军机大臣之责。凡经皇帝选调到军机处工作的军机大臣，则称为“军机处行走”或“军机大臣上行走”。初入值军机处者，若因其资历或能力尚浅，则命在“军机大臣上学习行走”，即是见习之意，其地位稍低，排班时列于后。一、二年后，再由领班军机大臣专折奏请皇帝，除去“学习”二字。各军机大臣之间，也有资格、品位高低之分，权力各不相同。例如有的满洲大臣只准阅看满文奏折，或新任大臣不准阅看皇帝朱批的奏折。这些不同待遇都是由皇帝亲定。

　　据《光绪会典》卷1017记载，嘉庆五年（公元1800年）规定：军机大臣只准在军机处承写当日所奉上谕，部院稿案不准在军机处办理（因军机大臣为兼职，仍保留部院原职实缺）。各部司员不准至军机处“回事”（找他们本衙门堂官请示事务）。军机章京办事之处，不准闲人窥视。自王以下满、汉文武大臣，都不准到军机处找军机大臣谈话，“违者重处不赦”。为了严格执行这些规定，每天派都察院御史一人到军机处旁边的内务府值房监视，军机大臣散值后，才准他们退值。

　　军机处初设时，所掌仅限军务。《清史稿·军机大臣年表序》说：“初只承庙谟商戎略而已。”但以后事权逐渐扩大，以至军国大计莫不总揽。其具体职掌有如下几方面：

　　一、负责皇帝下达谕旨的撰拟和参预官员上报之奏折文书的处理。官员上报的文书，凡折奏“请旨”者归军机处，照例的题本归内阁，直到清末未变。

　　二、办理皇帝交议的大政，凡遇重要政事，皇帝不能裁决的，或交军机处议奏，或密议，或交军机处会同关系衙门议奏。特交的，由军机处查议其可否，密拟办法上奏；会同议奏的，或由军机处主稿，或由所会衙门主稿，临时酌定。

　　三、某些重大案件，皇帝特交军机大臣审理拟定，或由军机大臣会同三法司审拟。军机大臣可在军机处提讯，也可使用刑讯。应刑讯时，选用内务府公所或于步军统领衙门进行。凡秋审案件，军机大臣也参预。

　　四、重要文武官员之任免及各部尚书、侍郎、各省总督、巡抚、以至道、府、学政、关差、盐政以及驻防将军、都统、驻各边疆地区之领队大臣、办事大臣等官员的补放，均由军机大臣负责开列应补人员名单，交皇帝选择任用。遇科考，也由军机大臣开列主考、总裁名单，奏请皇帝选用。复试或殿试，军机大臣负责核对试卷、检查笔迹或任命阅卷官。

　　五、考查行军之山川、道里与兵马钱粮：凡有行军，军机处根据有关图书，考查山川险要，道里远近，如系边远地区，图书中没有记载的，要考查新旧档案并加谘访。应用的兵马、钱粮，则由户部、兵部、理藩院等衙门取简明确数备查。遇有皇帝查讯的问题，即时呈递。

　　六、军机大臣可奉皇帝旨意，以“钦差”身分，往各地检查或处理一些政事。

　　军机章京，俗称“小军机”，早期也称为“司员”。最初，章京无一定额数，在内阁中书等官员中选调。乾隆初，改由内阁、各部、理藩院等衙门调派。自嘉庆四年（公元1799年）始，定军机章京分满、汉各两班，每班8人，共32人。各班设领班、帮领班章京各1员，由军机大臣于章京中选资深望重者任之。军机章京的选任，据《枢恒纪略》卷7载：“汉军机章京由内阁中书、六部郎中、员外郎、主事、七品小京官由进士、举人出身者兼充；满军机章京以内阁中书、六部、理藩院郎中、员外郎、主事、笔帖式兼充”。光绪三十二年（公元1906年）确定汉章京额缺为20人。

　　军机章京也是兼差，凡承旨入值军机处的官员，仍为原衙门的实缺并照例升转。军机章京一般为五、六品，领班章京为从三品或正四品。军机章京按例不参加京察，其奖叙升转由军机大臣酌情保奏，平时每届三年奏保，凡遇修补档案，编修方略等事结束时，均照例特保，故章京的提升较快，当时人视之为升官的捷径。光绪三十二年（公元1906年）十二月初十日奏定变通军机章京升补章程，定军机章京为实缺，其领班章京秩视三品，帮领班章京秩视四品，以下各章京俱按原品实授。并规定了三年递升一级的升补办法①。军机章京办理军机处的日常工作，处理文书，记注档册，撰拟文稿等。自乾隆时傅恒任领班军机大臣始，军机章京亦同时负撰拟谕旨之责；还参预军机处新承办案件之审理；跟随军机大臣或单独奉派往各省查办和处理政务。

　　军机处设于禁廷隆宗门内靠北、乾清门外西侧，军机大臣办公处名为军机堂。军机处内部组织，不见记载。从军机处档案的《交片档》看，有满、汉军机处之分，或简称“满屋”、“汉屋”，由满、汉章京分别任事。又《行文档》中有“清档案处”、“汉档案处”之设，或称“清档房”、“汉档房”，这是管理满、汉档案的分工。在宫廷之内，满屋的办公处设在隆宗门内之南，在军机堂对面之左，右为汉屋。其职掌据《光绪会典》卷3所载，满屋分管在京旗营及各省驻防和西北两路军营官员的补放事务，负责内、外蒙古、藩部及喇嘛等朝贡时拟赏单，并掌管军机处本身的一切事务性工作；汉屋办理在京部院及各省文职官员、绿营武职官员的补放进单，王公内外大臣赏单及拟给外国朝贡使臣赏单，办理皇帝交下的应当查考和应当办理的一切事情，以及负责军机处的对外联系，管理军机处的档案等工作。

　　军机处的设立，是清王朝对中央行政机构的一次重大变革，表现出清代前期政治制度高度集权的趋向。军机处成立以后，逐渐代替了清建国以来所依靠的满洲亲王，贝勒参预议政的制度，废除了议政处；同时也削弱了内阁参预国政的权力。军机处以“君权附庸”的地位，成为凌驾于内阁及各部、院之上的全国政务的总汇机关，军国大计，无不总揽。

　　三、通政使司

　　通政使司是沿袭明制。清入关后，于顺治元年（公元1644年）设立的。名为“通政”，是以政务比水，欲其上下常通之意。据《清朝文献通考》卷82载，通政司“掌受内外章疏，臣民密封申诉之事，凡在外之题本、奏本，在京之奏本，并受而进之于朝，核其不如式及程途稽限者。凡大政大狱，咸得偕部院予议焉。”其具体任务是，收各省题本，校阅后送内阁；查有题本不合规制的，送内阁参处；有逾限期的，移交关系衙门议办。各省将军、副都统与总督、巡抚、提督、总兵等官，按季将奏过本章造具印册，咨送内阁查核。

　　光绪二十四年（公元1898年）七月，通政使因“事务甚简，半属有名无实”，而被并入内阁。不久，旋于八月十一日又下谕恢复。至光绪二十八年（公元1902年），因改题为奏，职无专司，才被正式裁撤。

　　通政使司设通政使2人（满、汉各1人，正三品），副使2人（满、汉各1人，正四品），参议2人（满、汉各1人，正五品），经历2人（满、汉各1人，正七品），知事2人（满、汉各1人，正七品），笔帖式 8人（满6人，汉2人），经承15人。分设启奏科、稿房、吏房、礼房、上房、火房等单位。

　　通政司所属机构有“登闻鼓厅”，管军民击鼓伸冤之事，由参议1人兼管，由知事率役巡查，并有笔帖式满洲1人，汉军1人，经承6人，分设吏、户、礼、兵、刑、工六房，分别办理所属事务。如有击鼓之人，由通政使讯供，确有冤枉，奏报皇帝交刑部审办。如系诬告，即送刑部按律加一等治罪①。“登闻鼓”，顺治元年（公元1644年）设于都察院，由御史一人监管。顺治十三年（公元1656年）移置长安右门外，以给事中或御史1人更替管理。到康熙六十一年（公元1722年）才并入通政使司。这是统治者表示为人民“雪冤”的设施。