袁世凯死后的头一二年，三大派系的军阀逐渐形成，首先是皖系形成，段祺瑞以其掌握政府事权的地位，拉拢北洋军人，靳云鹏、徐树铮、吴光新、曲同丰、傅良佐等，依靠过来。而安徽倪嗣冲、山东张怀芝、福建李厚基、陕西陈树藩、浙江卢永祥、湖南张敬尧、山西阎锡山、两广龙济光、四川刘存厚也是纷纷投靠过来。

直系也逐渐同时形成。1918年秋冯国璋下台后，曹锟、吴佩孚站到前台，实力急剧膨胀。张作霖在东北占有全境，利用空档，招兵买马，形成奉系。

几派勾心斗角、翻云覆雨，战云笼罩。

1920年夏，直皖战争爆发。吴佩孚借口撤防北归，段祺瑞遂在南苑布防，挟总统徐世昌以令诸侯，组成定国军。第一路司令兼戒严总司令段芝贵，第二路司令兼前敌总司令曲同丰，第三路司令魏宗瀚，第四路司令刘询。

直系则在保定组织讨逆军。曹锟任总司令，吴佩孚任前敌总司令。率兵直逼京师。通电有谓“段氏祺瑞，秉性凶残，专擅恣睢，阴贼险狠……民国九载海内分崩，追原祸始，段为戎首。”

战争打到第四天，直军一路突破，皖军瓦解。直奉联军进京包围段公馆。皖系政客作鸟兽散，段氏被逐出北京。

袁世凯死后四年间，北京政局为皖系所把持。他们聚敛财富，用作庞大军费开支。为实现武力统一，加紧对国内的经济掠夺。北京政府的岁入总数中，一半以上用作军费开支。冯玉祥曾回忆这段时间段祺瑞给他数十万钱，他不要，他说那数字庞大得令他震恐。

左手拿钱，右手又用于打内战的支出，段政府出卖矿山、铁路、电讯的经营权，甚至领土主权，以赢得主政之权。

期间，日本人的上下其手、勾结引诱确不可忽视。郑孝胥笔下“李季高来，龟井、波多来，谈南北大局及日人处置袁世凯之法”(《郑孝胥日记》1916年4月28日，中华书局版)。

6月7日，郑氏又写道：“袁世凯病死，黎元洪为总统，段祺瑞为总理，日本允以兵力助段，保北京治安，段辞之。”

6月8日：升吉甫至济南，约张怀芝共图复辟，闻今日归青岛，乃日本海军无线电所报。日人谓：冯国璋、张勋、张怀芝如果能举义旗、倡复辟，当以盐政余款二千万为军饷。姚赋秋候南京胡琴初来信，即谒南京、徐州而往青岛。余言，三镇不相统属；果同意起义，宜以升吉甫为总参谋部，主兵饷事。张勋现令王宝田至南京结冯国璋。

阎锡山谈袁世凯去世后的情形，北洋军阀失去主脑，遂成群龙无首，各谋拥戴，觊觎元首，对革命党而言他们还算整体，但其内部的分裂，则日甚一日，争权夺利，不惜战祸相寻，阎锡山遂宣布了三不二要的主义，总目的在不参加军阀的内战，以保境安民为目的。于是遭北洋军阀之忌，无论某派当政，均谋夺取山西，阎锡山说他以独立不惧的态度处之，声明晋军不出山西一步，但有来侵者，必惟力是视。山西于是有两次战事，一是冯玉祥攻晋，一是樊锺秀攻晋，但他两人，已不是纯粹的北洋军阀，均挂有国民革命军之旗号，均经阎锡山击退，得保山西之安宁。