袁从来不放心任何人，他大权总揽，遇事躬亲，真是一个名符其实的独裁者。在他垂亡的时候，他发现自己已经陷于众叛亲离，四面楚歌了，这才请出黎元洪、徐世昌、段祺瑞来共撑危局。他请黎每天和他一块儿办公，意思是要培养黎作为一个国家的元首，来接替他的地位，使他可以放心地告老还乡，钓游洹上；他把政治方面的一切交给徐世昌，由徐全权负责；又把军事问题全权付托段祺瑞。
　　然而，不管袁是真心或是假意，这一切都嫌太迟了，黎根本和他貌合神离；徐世昌虽然位高望重，但对北洋军系或是南方的反袁运动完全不发生影响；只有段祺瑞还在北洋军系中有极高的威望，南方护国军方面也把段当作一个实力派来看。
　　5年4月22日，徐请辞国务卿，他仅仅作了一个月的冯妇，就辞职前往河南辉县水竹村做“挂冠诗人”去了。
　　23日，袁发表段祺瑞为国务卿兼陆军总长，陆徵祥为外交总长（不久陆退休，由曹汝霖兼任），王揖唐为内务总长，孙宝琦为财政总长（不久孙亦不干，乃由周自齐继任），刘冠雄为海军总长，曹汝霖为交通总长，张国淦为教育总长，金邦平为农商总长，章宗祥为司法总长，王士珍为参谋总长，庄蕴宽为审计院长。
　　段奉命于危难之际，其处境和辛亥革命后袁出而组阁时一样，他要求变更政事堂而成为真正的责任内阁。袁是个老狐狸，他在表面上完全接受了段的意见，发表申令说：“依照《约法》第二十一条，制定政府组织法，树责任内阁之先声。”可是这只是一张空头支票而已，段这时候态度很坚决，他宣称如果没有实权他就不干，袁这才被迫于5月8日下令，废除政事堂，恢复国务院。
　　段的第一步目的达到，就要求第二步，他请求撤销大元帅统帅办事处，袁在这个呈文上批了一句：“君能每日到部办公乎？”段又请求让陆军部接收模范团和拱卫军，袁来个相应不理。袁这时看出段所走的路完全和自己当年对付清朝一样。
　　段组阁后不久，他接到梁启超一封信，略云：
　　“今日之有公，犹辛亥之有项城。清室不让，虽项城不能解辛亥之危；项城不退，虽公不能挽今日之局。”
　　然而段是袁一手提拔起来的人，他虽然不满意袁，可是正如他自己所说的，对袁是“受恩深重”。他是个十足的旧中国军人，因此认为自己出面倒袁是万万不可以，他需要护国军来打倒袁，然后自己以北洋军系领袖的身份来对付护国军。他知道在此以前是袁一个人和护国军作战，所以护国军能居上风，如果护国军和整个北洋系作战，护国军不一定会居上风的！
　　袁、段之间在这最后关头仍旧不能谐和，不愉快出在国务院秘书长身上，段一天也离不开他的得意门生徐树铮，他想用徐为国务院秘书长，但因为徐是袁最不欢喜的人，所以段怕当面和袁谈此事时弄僵了，乃转托王士珍。王是个阅历很深的黄老派，他当然也知道袁讨厌徐，又不便对段推辞，乃来一个“拖”字，拖了几天没有下文，段忍耐不住，乃请张国淦代他向袁提出。张碍于段的拜托，乃去见袁，轻声地对袁说：“总理想自己物色一个院秘书长。”他的话才说完，袁的脸色就沉了下来问：“他想用谁？用谁？”张一看情形不妙，可是总统如此追问，只好勉强地说：“想用徐又铮（徐的别号）以资熟手。”袁的脸色更难看了，恨声地说：“真是笑话，军人总理，军人秘书长，这里是东洋刀，那里也是东洋刀。”然而袁气尽管气，当前情况不是闹气的时候，所以又自己转弯，平下脸色对张国淦说：“你去告诉芝泉（段的别号），徐树铮是军事人材，就叫他再任陆军次长吧！”张国淦是知道段曾托过王士珍的，这时王士珍也在坐，他偷眼望了望王；只见王脸上毫无表情，就好像完全什么也不知道，他心里想王真有道行，不愧是“北洋三杰之龙”。
　　张从袁处出来，立刻就去见段，他当然不把袁那些难听的言语和难看的脸色告诉段，只把袁要徐树铮做陆军次长的话讲了出来。他的话还没有讲完，就见段猛地把桌子一拍，随手把衔在嘴中的烟斗使劲地扔在地板上，脸色的难看超过了袁，大声地说：“怎么，到了今天，还是一点都不肯放手吗！”段这时虽然走袁辛亥年的老路，然而形势上却不如袁，所以他虽然取得责任内阁的虚名，结果连国务院秘书长都不能派，仍是袁指定的王式通担任秘书长，不过折衷办法由徐树铮为帮办秘书，就是副秘书长。
　　这一幕历史重演来得太快了，辛亥武昌起义后，清政府四面楚歌，草木皆兵，面临垂亡之顷，明明知道用袁世凯是等于吃毒药，然而却不得不饮鸩止渴。不到五年，袁在全国人民一致反对他，旧部纷纷叛离他的危急关头，也不得不起用段以求渡过难关。袁何尝不知道他的这个老干部已经学会了他的本事，以子之矛攻子之盾，他当然是有戒心的：我只是请你来解我的围，不是请你来篡我的位。辛亥年我接收清政府的兵权，现在你想接收我的拱卫军和模范团，辛亥年我向清政府提出责任内阁的条件，而现在你也向我提同样条件，你真是“孔夫子门前卖文章”。
　　在袁危急存亡关头，段颇想另有作为，大干一番，想不到上台所办的第一件事，却是加速送终袁的天下，就是下令中国、交通两行停止兑付现金。出这个主意的人是梁士诒，梁是民国初年财政巨头，交通系领袖。段、梁两人本极相投，段上台后，认为收拾袁的残局必先整顿财政，所以找梁请教。梁把当时财政内幕全盘托出，并将中国、交通两行实际情形亦告诉了段。梁说：中、交两行流行市面的钞票有7000余万元，而库存只有2000余万元，放出的商款约2000万元，历年贷给政府的有4000万元，目前如果要维持应发的军政各费，又借不到内债或外债，则只有增发钞票一途，增发钞票通货膨胀，可能发生挤兑，局面将不堪收拾。段认为巧妇难为无米炊，只有冒险一途，通令停兑，腾出时日，整理兑现。段遂于5月12日由国务院下令：
　　“五月十二日国务院令：溯自欧战发生，金融停滞，商业凋敝。近因国内多故，民生日蹙，言念及此，实切隐忧。查各国当金融紧迫之时，国家银行纸币，有暂行停止兑现及禁止提取银行现款之法，以资维持，俾现款可以保存，各业咸资周转。法良利溥，自宜仿照办理。应由财政、交通两部，转饬中国、交通两银行，自奉令之日起，所有该两行已发行之纸币，及应付款项，暂时一律不准兑现付现。一俟大局定后，即行颁布院令，定期兑付。所存之准备现款，应责成该两行一律封存。至各省地方应由各将军、都统、巡按使，凡有该两行分设机关，地方官务即酌派军警，监视该两行，不准私自违今兑现付现。并严行弹压禁止滋扰。如有官商军民人等，不收该两行纸币，或授受者自行低减折扣等情，应随时严行究办。依照《国币条例施行细则》第九条办理，一面与商会及该两行接洽，务期同心努力，一致进行。并饬该两行将所有已发行兑换券种类额数，克日详晰列表，呈报财政部，以防滥发。仰各切实遵行。此令！”
　　这个命令到上海后，上海中国银行经理宋汉章精明练达顾全大局，立即邀约股东开会商讨应付办法，决定五点：
　　（一）上海中国银行，由股东联合会举定监察员二人，到行监察，合行事务，悉归股东联合会主持。以后政府不得提用款项，一切悉照普通银行营业办事。（二）本行所有财产负债，已移交外国律师代表股东管理一切，并随时有查帐之权。（三）上海分行钞票，将准备金备足，移交外国律师保管。随时兑现，不得停付，即中央有令他处停止兑现，惟上海仍照向章办理。（四）所有存款，均到期立兑。（五）将来如商家有损失，悉归股东联合会负责向南北政府交涉，归正式政府承认。
　　由于上海中国银行的这一举措，使得上海商场稳定，毫无惊扰，各省中国银行多有效法。
　　中、交两行停兑后，外人多归罪于梁士诒，认为是梁恐怕交通银行周转不灵，乃出此策。又有谓袁想逃走，先将中、交两行现款偷运到国外。总之，这是下策，因为这样一来，民心更散，袁个人和袁的政府信用完全破产。
　　5月29日袁发表《宣布帝制案始末》。这是一篇“大”文章，把变更国体责任诿诸各省公民，把自己说成是一个维持共和的人物，是一个容易受骗的老实人。最后袁且威胁说要把各省区军民长官要求改变国体和先后推戴、请早登大位的文电公布。这是袁死前最后一个、也是最重要的一个文告，特全文登录如下：
　　大总统告令：据海军总长刘冠雄巡洋回京面称，帝制议案撤销后，群言淆乱，谣诼繁兴，好事者借端煽惑，庞杂支离，请将关于帝制议案始末，明白宣布，以释群疑等语。本大总统前于本年三月二十一日特发明令，将上年十二月十一日承认帝位之案，即行撤销，并以菲躬薄德诚不足以感人，明不足以烛物，引咎自责，不欲多言。乃近来反对之徒，往往造言离奇，全昧事实，在污蔑一人名誉颠倒是非之害小，而鼓动全国风潮，妨害安宁之害大，不得不将事实始末，明白叙述，宣布全国，以息谣煽，而维治安：
　　查上年各省区公民及满、蒙、回、蒙公民王公等，先后赶参政院代行立法院请愿改革国体，以本大总统之权限，虽不当向国民及立法院有所主张表示，然于维持共和国体，实是当尽之职分；是以特派政事堂右丞杨士琦代莅立法院宣言，以为改革国体，不合事宜，至国民请愿，不外巩固国基，振兴国势，民国宪法，正在起草，衡量国情，详晰讨论，当有适用之良规，是本大总统于国民之请愿，实欲纳诸宪法范围以内。
　　制定宪法程序，既根于民国《约法》，则国体自在维持之中。旋经立法院据各省区公民及满、蒙、回、藏公民王公等请愿书，建议政府，或提前召集国民会议，或另筹征求民意妥善办法，以为根本解决。
　　本大总统咨复，以决定宪法为国民会议职权，俟复选告竣，召集开会，以征正确民意；盖犹是以民国宪法为范围之本意也。立法院复据全国请愿联合会、全国公民代表团等再行请愿，开会议决，按《约法》第一章第八条中华民国主权本之国民全体，定以国民代表大会决定国体，并议定《组织法》，咨请公布施行。
　　查立法院原咨称本大总统咨复，办法已定，不敢轻易变更，特以尊重民意，重付院议，佥谓民心之向背，为国体取舍之根本，该院议决投票，标明赞成或反对，各代表本有自由之权，是立法院为尊重民意而建立此项法案，本大总统自当如议公布。其时满、蒙各王公及各省区文武官吏等，仍请速定君主立宪，情词挚切，迫不及待。本大总统又以改革国体，事端重大，轻率更张，殊非事宜，但《约法》所载，中华民国主权本之国民全体，解决国体，自应听之国民，惟令以督饬所属，维持秩序，静候国民之最后解决；是本大总统不肯轻听急迫之请求，而兢兢以正确民意为从违，尊重国民主权之心，固可大白于天下。且迭有明令电谕，严诫各省区国民代表大会选举监督等遵照法案，慎重将事，勿得急遽潦草，致生流弊，并特派大理院院长董康、肃政史蔡宝善、夏寅官、傅增湘、麦秩严稽查国民代表选举不合法者，更正取消。本大总统尊重民意，务求正确，杜渐防微，尤无所不至。
　　迨国民代表大会报送决定团体票数，全体主张君主立宪，又由各国民代表全体推戴本大总统以帝位，并委托立法院为总代表，吁请正位前来；本大总统以《约法》内民国主权本于国民全体，既经国民代表大会全体表决，在国体自无讨论之余地，惟于推戴一举，自问功业本无足述，道德不能无惭。
　　又以民国初建，本大总统曾向参议院宣誓竭力发扬共和，今若帝制自为，则是背弃誓词，于信义无可自解，特将推戴书送还，并令熟筹审虑，另行推戴，以固国基；而在本大总统则仍以原有之名义及现行之各职，维持全国之现状，此不愿以帝位自居之心，昭然可见。国民代表大会总代表等不谅鄙诚，迫谓无功薄德，为谦抑之过言，又谓当日誓词，根于元首地位，而元首之地位，根于民国之国体，国体实定于国民之意向，元首当视乎民意为从违，民意共和，则誓词随国体为有效，民意君宪，则誓词亦随国体而变迁，迫切吁请，使本大总统无可诿避，只得以创造宏基，事体繁重，不可急遽进行，致涉疏率，饬令各部院详细筹备，筹备完竣，再请施行。
　　本大总统所以借词筹备，不即正位者；盖始终于辞让初衷，未尝稍变也。本大总统以诚待物，凡各官吏之推戴，容有不出于本衷，各党派之主张，容不免于偏执，及各监督之办理选举，各代表之投票解决，容有未臻妥善完备之处，然在当时惟见情词敦挚，众口同词，本大总统既不敢预存逆臆之心，实亦无从洞察其用意。即今之反对帝制者，当日亦多在赞成之列，尤非本大总统之所能料及，此则不明不智，无可讳饰者也。
　　滇、黔兵起，本大总统内疚不遑，虽参政院议决用兵而国军但守川、湘，未尝穷兵以逞，且悯念人民，寝馈难安，何堪以救国救民之初心，竟资争利夺权之借口？而吁请正位，文电纷驰，特降令不许呈递，并令提前召集立法院，冀早日开会，征求意见，以期转圜。继念万方有罪，在予一人，苦我生灵，劳我将士，群情惶惑，商业凋零，抚衷内省，良用矍然；是以明令宣示将承认帝制之案，即行取消，筹备事宜，立即停止。事实本末，略具于斯，原案具存，可以复按。除将各省区军民长官迭请改变国体暨先后推戴并请早登大位各文电另行刊布外，特此宣布，咸共闻知！此令。
　　国务卿段祺瑞