1908年5月25日，罗斯福签署了法案。12月28日，发布退款命令。31日，国务卿罗脱将决定正式通知了清政府。1909年清政府成立了游美学务处，负责直接选派学生游美，同时着手筹设游美肄业馆。1910年11月，游美学务处向外务部、学部提出了改革游美肄业馆办法。其中提到，因已确定清华园为校址，故呈请将游美肄业馆名称改为“清华学堂”。12月，清政府学部批准了这个改革办法。之后，清末兼管学部和外务部的军机大臣那桐于宣统辛亥年(1911年)为清华学堂题写了校名。我们今天看到的清华学堂大楼大门外，正额“清华学堂”四字即为那桐手书。

1913年1月14日 中美续订清华学堂留美学生借款十八万五千元。中国学生得以继续以庚子对美赔款为资助继续留学美国。

评价：此后在各国进步人士以及中国政府的争取下，多余的庚款相继被各国退回，用于承办文化交流和留学事业。