与北军激烈交战的南京富贵山炮台

1913年8月8日中午，何海鸣率百余人占领都督府，宣布“卷土重来，恢复独立”，自任江苏讨袁军临时总司令，推陈之骥为江苏都督。陈则宣布再次取消独立。10日，第八师起义，击毙团长李浚，与第一师联合，将何海鸣迎至二十九团团部。11日，何海鸣再次宣布独立。14日拂晓，张勋所部偕江苏第四师突袭紫金山，富贵山炮台发炮反击，第八师亦在天保城架炮轰击，北军伤亡惨重，被击毙团、营、连长多名，一旅长亦受重伤，锐气顿挫。

16日，在南京城内第一师师长徐涛、第八师师长李可钧和卫戍团团长吴浩叛变，取消独立。第八师士兵围攻师部，镇压了李可钧和徐涛，吴浩逃走。19日，张勋再次对南京发起猛攻。在天保城进行激烈争夺，至21日下午被张勋攻占。26日，北军全力攻城。张勋马队突入朝阳门，张宗昌部攻入神策门。张勋狂喜，电京告捷。但张勋马队被守军全部歼灭。张宗昌部也被迫退出城外。

29日，北军完成了对南京城的全面包围。张勋、徐宝山部攻朝阳门，第三师攻神策门，第五师攻太平门，雷震春第七师及杨善德第四师一部协攻雨花台，四师另一部扼守通向芜湖及秣陵关的要道，海军控制江面。”南京商界通过英国医生马林向何海鸣交涉，表示愿意出钱请讨袁军和平让城。何海鸣拿了商会的钱，向部队发了一次响。第八师士兵坚决反对和平让城，决心死战到底。

31日晨。北军发起了总攻击，何海鸣率卫队及第一师第三团、第八师二十九团残部，在雨花台进行了最后一战，伤亡殆尽。何海鸣躲于草丛中，后乘小船逃走。

北军入城后，大掠三日，各部划分地盘，肆意进行抢劫。冯国璋部把繁华的下关烧为灰烬，张勋部更是烧杀淫掠。报道说，南京“被劫一空，虽家具什物，亦搬运全尽。各等人民皆体无完衣，家无一餐之粮”。