波黑地区（波斯尼亚和黑塞哥维那）自新石器时代就有人类居住。早期居民为伊利里亚人。该地于公元前168年由罗马帝国占领。455年时东哥特人将该地区占领，6世纪时东哥特人被东罗马帝国击败，现波黑南部地区一度成为东罗马帝国的一部分。

6世纪末7世纪初，部分斯拉夫人南迁到巴尔干半岛，在波斯尼亚和黑塞哥维那等地定居。阿瓦尔人于6世纪和7世纪时开始入侵，克罗地亚人和塞尔维亚人也相继进入巴尔干半岛。在接下来的几个世纪内，波斯尼亚以及黑塞哥维纳地区多次分属周围的各个国家。1377年时Tvrtko Kotromanić（特弗尔特科·科特罗曼尼奇？）建立了一个独立的波斯尼亚公国，曾是南部斯拉夫人最强盛的国家。但1463年时奥斯曼帝国入侵，波斯尼亚被兼并。

在奥斯曼帝国统治下，许多波斯尼亚人由基督教改信伊斯兰教，渐渐形成了波斯尼亚穆斯林民族。虽然当地的穆斯林与塞尔维亚族人都使用塞尔维亚语，但在民俗习惯、道德标准和价值观念等方面却存在着较大的差异。

1878年波斯尼亚和黑塞哥维纳成为了奥匈帝国的领地。1908年被奥匈帝国占领。1914年6月28日，奥匈帝国皇子弗郎茨·费笛南在萨拉热窝被塞族民族主义者所刺杀（参见萨拉热窝事件），导致第一次世界大战爆发。

1918年第一次世界大战结束后，南部斯拉夫民族成立了塞尔维亚人－克罗地亚人－斯洛文尼亚人王国，1929年改称南斯拉夫王国，波黑是其中的一部分，被划分为几个行政省。

第二次世界大战期间，由于被德、意法西斯扶植的“克罗地亚独立国”傀儡政权实行种族灭绝政策，30万塞尔维亚人惨遭杀害，从此，塞尔维亚与克罗地亚两族结下了世仇。1960年代末，当时的南领导人铁托（克罗地亚人）和卡德尔（斯洛文尼亚人）曾决定将波黑的穆斯林列为一个民族，同时鼓励其他共和国的穆斯林加入波黑，致使波黑穆斯林人口超过塞族人口。

1945年，南斯拉夫各族人民取得反法西斯战争胜利，成立南斯拉夫联邦人民共和国（1963年改称南斯拉夫社会主义联邦共和国），波黑成为南斯拉夫联邦的一个加盟共和国，其边界采用的是奥斯曼帝国时期的边界，和实际民族分布颇有出入。

1991年南斯拉夫社会主义联邦共和国开始解体，波黑联合执政的穆斯林民主行动党、克罗地亚民主共同体和塞尔维亚民主党在未来的国体问题上发生严重分歧，穆斯林族和克罗地亚族担心受塞尔维亚控制而主张波黑独立，塞尔维亚族则要求该共和国留在南斯拉夫内。1991年10月15日，由穆斯林和克罗地亚人占多数的波黑议会宣布波黑为主权国。1991年1月9日，波黑塞族领导人宣布单独成立“波黑塞尔维亚人民共和国。”1992年2月举行全民投票以寻求独立。1992年3月初，全民公决赞成波黑共和国独立，但该共和国中的塞族人进行了抵制。波黑塞族人随即在塞尔维亚的支持下以武力方式寻求加入塞尔维亚，内战爆发。波黑内战中共有二十万人死亡，超过二百万人流离失所。1992年4月6日，波黑塞族人“议会”宣布“塞尔维亚共和国”独立。1992年4月爆发了旷日持久的波黑内战。1992年5月22日，联合国接纳波黑共和国为正式成员国。1994年3月，波黑穆斯林族和克罗地亚族达成协议，合并为穆－克联邦，并同克罗地亚共和国组成联邦。1995年3月6日克罗地亚和波黑、穆克联邦签订建立三方联合司令部协议。1995年12月14日，解决波黑冲突的《波黑和平协议》正式签字仪式在法国总统府爱丽舍宫隆重举行。波黑总统伊泽特贝戈维奇、克罗地亚总统图季曼和塞尔维亚总统米洛舍维奇在《波黑和平协议》（代顿协议）上签了字。根据该协议，1995年11月21日，波黑划分为穆克联邦和波黑塞尔维亚共和国两个实体，萨拉热窝划归穆克联邦统辖。12月22日，波黑政府宣布，结束在波黑领土上的战争状态。1996年9月14日，波黑进行了首次大选。国际组织对大选情况表示满意。1996年10月3日，在法国总统希拉克的主持下，波黑共和国总统伊泽特贝戈维奇和南联盟塞尔维亚共和国总统米洛舍维奇在巴黎签署了一项《共同声明》，宣布波黑和南联盟决定建立大使级外交关系。

波黑战争结束后，北约在波黑继续驻扎维和部队，2004年底起由欧盟的力量所取代。