明朝初建，西藏的政教领袖乌思藏摄帝师喃加巴藏卜在洪武五年（公元1372年）遣使纳贡，第二年就亲自入朝，受封为炽盛佛宝国师。明朝曾多次派使者去西藏地区，并在今西藏大部设置了乌思藏都指挥使司，在今西藏的昌都地区东部、四川甘孜藏族自治州和青海西南部设置了朵甘都指挥使司，在今克什米尔地区东北部和西藏西部设置了俄力思军民元帅府；以下分别设有主管或兼管宗教、军事、民政的机构，授予当地僧俗首领以国师、法王、都指挥、宣慰使、招讨使、元帅、万户等官员，根据当地的风俗习惯实行治理。乌思藏、朵甘二司由阐化、赞善、护教、阐教、辅教五王和大宝、大乘、大慈三法王分治，在今四川西部的甘孜、阿坝州还设有董卜韩胡、长河西鱼通宁远二宣慰司。宣德后护教王因无继承人而断绝，而黄教首领锁南坚措的威望越来越高，被奉为活佛，并获得鞑靼俺答汗所赠达赖喇嘛的尊号，成为三世达赖喇嘛，大宝等三法王和阐化等四王都俯首称弟子。从此，三法王、四王等都徒有虚名，不再能发号施令，达赖喇嘛成为藏族地区政教合一的最高首领。尽管在明朝中期后因国力衰退，朝廷与西藏的联系不如前期密切，但始终掌握着西藏的主权，西藏一直是明朝疆域的一部分。