1877年8月17日，左宗棠奏请在新疆设行省。左宗棠在收复新疆的过程中，不仅十分重视整饬吏治、发展生产，而且提出了取消原来的军府制度，在新疆建省，实行与内地一样的行政管理的主张。8月17日他正式向朝廷提出此议，认为重新疆所以保蒙古，保蒙古所以卫京师，“设行省，改郡县，事有不容已者”。收复南路后，1878年2月他再次提出上述建议。1880年5月，他提出了新疆建省的第一个具体方案：拟设总督驻乌鲁木齐，巡抚驻阿克苏，伊犁将军仍旧，塔尔巴哈台改设都统；将全疆划分为五道，道以下各设府、厅、州通县。时清政府以“伊犁尚未收复”，留中待议。次年收回伊犁时，已调任两江总督的左宗棠特地提交了一个《新疆行省急宜议设，关外防军难以遂裁折》，强调新疆建省的重要，充分表露了他关怀祖国边疆的爱国激情。清政府于1884年11月17日决定在新疆建立行省。左宗棠提出的新疆长治久安之策终被采纳，这对巩固祖国统一，加强西北边防，促进新疆建设，都具有深远的历史意义。