1940年9月，蒋介石作出朱家骅任中央研究院院长、胡适驻美大使职务不变的决定后，围绕补选胡适为中央研究院院长一事引起的风波才告平息。

3月5日，蔡元培在香港病逝，中央研究院院长出缺，需要补选。按当时的程序，应由中央研究院的评议会推举候选人，再由国民政府遴选任命。

为学界所瞩目的领袖人物主要有胡适、翁文灏、朱家骅三人，尤以胡适呼声最高。但胡适正在驻美大使任上，孔祥熙不满意胡适当大使，想以颜惠庆取代他，现在正好借此由头调他回国，然后委派颜惠庆继任驻美大使。此事虽极机密，但学界亦有风闻。此时，蒋介石又亲下条子，要“举顾孟余出来”，触犯了学界。选举前夕，评议员宴聚，陈寅恪大讲学术自由之义，主张“院长必须在外国学界有声望”，私下谓”我们总不能单举几个蒋先生的秘书”。他们当即做了一次“假投票”，翁文灏得23票，胡适得21票，朱家骅得19票。胡适票少是因朋友们故意不投他的票，怕他被选而调离驻美大使之任。

事情为蒋介石所知，他大不高兴，对孔祥熙说：“他们既然要适之，就打电报让他回来吧！”孔祥熙、颜惠庆大为兴奋，四出散发消息说“胡适就要回国任中研院长了！”胡夫人写信给胡适，要他声明不干。胡适回信给夫人说：“我并不想做院长，但我此时若声明不干，那就好像我舍不得丢现在的官了。”最后评议会正式选举的结果是：翁文灏、朱家骅各得24票，胡适得20票，李四光得6票，王世杰得4票，顾孟余只得1票。由于这次选举搅进了许多矛盾，蒋介石等迟至9月间才作出最后决定：以朱家骅在政治上更为蒋氏所信任，遂任他为代理中央研究院院长。胡适的大使职务不变。

蒋介石要王世杰发电给胡，告诉他“外传调兄返国，均因中央研究院问题引起。政府觉美使职务重于中研院，迄无调兄返国决定”。至此，风波平息。