李自成死后，余部与明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联明抗清。1647年大败清军于全州，次年几乎收复湖南全境。江西金声桓和在广州李成栋先后反正，出现了南明时期第一次抗清斗争的高潮。但永历政权不能团结对敌，给了清军以喘息之机。1649—1650年，何腾蛟、瞿式耜先后牺牲。1652年，李定国率军8万东出广西，下桂林，又攻入湖南、广东，“两蹶名王，天下震动”。刘文秀亦出击四川，克复川南。东南沿海的张煌言等的抗清军队也发动攻势，抗清斗争再次出现高潮。这时孙可望同李定国之间矛盾爆发，破坏了大好形势。孙可望降清后，云贵虚实尽为清军所知。1658年，吴三桂率清军攻入云南，1662年南明永历帝被杀，南明灭亡。

　　清军进军江南的过程中，无恶不作，激起江南人民的强烈反抗，特别是剃发令强制执行，各地燃起抗清的熊熊烈火。清廷残酷镇压，在扬州、嘉定、江阴等地进行了大肆屠城，史称“扬州十日，嘉定三屠”。此后清军各地“剃发易服”，造成人口骤减，发生西南地区民生萧条、万里无人的景象。1659年，清军占领西南地区。并迁移湖广人口填川，以补充劳动力的不足，视为历史上的第二次“湖广填四川”。

　　明延平王郑成功在1661年收复了当时为荷兰殖民地的台湾。永历帝被害后，郑成功之子郑经继续使用南明永历年号，尊前明宁靖王朱术桂为监国。1683年，清朝统一台湾，1684年设立台湾府。

　　清朝的灭亡

　　清政府于1895年与日本签定《马关条约》。清朝割让台湾和澎湖，失去藩属国朝鲜和租界。洋务派李鸿章建立的北洋舰队全面瓦解，也宣告自强运动最终失败。随后，由光绪帝与梁启超和康有为领导发动的政治改革运动：戊戌变法又因为慈禧太后和保守派的反对，而软禁了光绪帝，变法因此失败，因为只有103天，因此又称为“百日维新”。

　　1900年，八国联军入侵北京。1901年签订了丧权辱国的《辛丑条约》。清朝于八国联军后国势大坠，知识分子莫不提出各种方法拯救中国，主要分成立宪派与革命派两种改革路线。1901年立宪派康有为梁启超推动立宪运动，梁启超发表《立宪法议》，希望让光绪帝成为立宪君主。而慈禧太后为挽清朝衰落危局，有意效仿欧日的改革而推行清末新政。新政主要推行君主立宪、建立清朝新军、废除科举、整顿财政等一系列改革。而革命派对清廷的改革失望，他们鼓励推翻清朝，建立中华共和。1894年孙文于夏威夷檀香山建立兴中会、1904年黄兴于长沙成立的华兴会、1904年蔡元培于上海成立光复会，此外还有其他革命团体。1905年孙文在日本联合兴中会、华兴会、光复会，成立中国同盟会，并提出“驱除鞑虏、恢复中华、创立民国、平均地权”纲领。革命派联合旧有反清势力如三合会、洪门等，在华南地区发起十次起事，并将势力渗入华中、华南的清朝新军。

　　当时立宪派与革命派为改革方式发生争执，一开始立宪派占上风，清廷也承诺实行立宪。1907年清廷筹设资政院，预备立宪，并筹备在各省开办咨议局。1908年7月颁布《各省咨议局章程及议员选举章程》，命令各省在一年之内成立咨议局。同年颁布《钦定宪法大纲》，以确立君主立宪制政体，成立代议会。在立宪派成员的请愿下，清廷宣布把预备立宪缩短三年，预定在1913年召开国会。同年光绪帝与慈禧太后皆去世，溥仪继位，即宣统帝，其父载沣担任监国摄政王。1911年5月清廷组成由庆亲王奕匡领导的“责任内阁”，这是中国历史上首次君主立宪。不过，该内阁中的很多成员为皇族身份，故被称为“皇族内阁”，引发立宪派的不满和失望，很多转向于革命派合作。

　　同年5月四川等地爆发保路运动，清廷急派新军入川镇压。10月，革命派于湖北发起武昌起义，南方各省随后纷纷宣布独立。清廷任命北洋新军统帅袁世凯为内阁总理大臣，成立内阁并统领清军。袁世凯一方面于阳夏战争压迫革命军，另一方面却暗中与革命党人谈判，形成南北议和。1912年1月1日，中华民国于南京宣布立国，孙文在南京就任临时大总统。2月12日，袁世凯迫使宣统帝溥仪颁布退位诏书，将权力交给袁世凯政府，清朝灭亡，标志着中国两千多年来的君主制度正式结束。