(公元1888)正月15日，在布达拉宫皇帝牌位前面，一个叫仓珠嘉措的孩子的名字被从用来举行掣签仪式的金瓶中用象牙筷子抽出来。他被确定下来的继任班禅的转世“灵童”，就是后世人们所说的九世班禅。举行掣签仪式的当天，在布达拉宫的日光殿上，九世班禅拜十三世达赖土登嘉措为师，剃发取法名为吉总罗桑曲吉尼玛格勒南结贝桑布，简称曲言尼玛。从此开始他富有传奇色彩的一生。

九世班禅生于清光绪九年(公元1883)正月12日，前藏达布地方噶夏村人。光绪十八年(公元1892)正月初三日，九世班禅在扎布伦布寺坐床。摄政第穆呼图克图给九世班禅授了沙弥戒。为了祝贺九世班禅坐床，清朝政府特赐白银一万两，由四川总督刘秉璋由“司库提领”，“派员迅速解往”。九世班禅坐床以后，特派堪布罗布藏荣垫前往北京，向慈禧太后和清德宗“谢恩”。

1902年(清光绪二十八年)，由十三世达赖在大昭寺释迦牟尼像前，给九世班禅授了比丘戒。同年五月初十日，九世班禅由拉萨返回扎什伦布寺。九世班禅曲吉尼玛从出生到受比丘戒这一时期，正是英帝国主义者向西藏地区进行军事侵略时期，也是西藏僧俗人民进行英勇的抗英战争时期。第一次抗英战争发生于清光绪十四年(公元1888)，当时英国人全部占领了哲孟雄(锡金)，已于西藏接壤，西藏方面为了阻止英人入侵，在与哲孟雄接壤的隆吐地方，构筑防线，不准英人逾越。为了表示西藏僧俗人民的抗英决心，光绪十三年(1887)，西藏三大寺、扎什伦布寺、西藏地方政府的七品以上全体官员，向驻藏大臣文硕上了一道公禀，声明“纵有男尽女绝之忧，惟当复仇抵御，永远力阻，别无所思”。

1904年(清光绪三十年)元月4日，英军攻占春还，6日攻占帕里。4月11日英军进抵江孜，在此双方又发生激烈的战斗，江孜堡垒被毁，藏军损失很大，英军也死伤不少。这就是西藏历史上著名的江孜保卫战。8月初英军攻占拉萨。十三世达赖在英军抵拉萨的前夕，为了避免被英军俘获，被迫出走，经过青海，到了外蒙古。

然而，九世班禅是有政治远见、顾全大局的。他考虑到十三世达赖离藏期间，由他代理达赖的职权，只会增加他们之间的隔阂，对西藏内部的团结是很不利的。因此，九世班禅接到驻藏大臣的通知后，以“后藏为紧急之区，地方公事须人料理，且后藏距江孜仅二日程，英人出没靡常，尤宜严密防范，若分身前往前藏，恐有顾此失彼之虞。”没有接受要他前去代理达赖职务的要求。英帝国主义者乘十三世达赖逃亡之机会，命在江孜留驻的鄂康诺大佐于光绪三十一年(公元1905)9月24日，率英军50余人，突然到达日喀则，借口他不日即将回国，特来向九世班禅告辞。九世班禅还是很有礼貌地接待了鄂康诺。在接见中，鄂康诺突然提出让九世班禅赴印度。“班禅当即回称：我往印度不难，但须禀陈钦宪，奏知大皇帝殊批照准，方可起程，否则难以从命。该英员即称，该国有信，不去不行，请细思之等语”。并且以英军要占日喀则和忆什伦布寺为由进行威胁。在此情况下，九世班禅于光绪三十一年(公元1905)10月12日离日喀则去印度。九世班禅到印度后见英皇太子时，鄂康诺要班禅跪拜，“班禅末从，当称我只在大皇帝前跪拜，其余不行。仍行执手常礼。”当时清朝政府外务部“已电达驻印钦使及印督等，班禅来印赴会则可，若逼令干预藏事，即令班禅亲自画押，盖用印信，均作为废纸”。这样，英人的阴谋未遂，不得不厚礼送归九世班禅。

1909年(清宣统元年)4月15日，十三世达赖又自塔尔寺启程，八月初八日到达西藏北方的重镇那曲(黑河)。九世班禅曲吉尼玛从扎什伦布寺远道前来那曲，欢迎达赖回藏。与此同时，川军人藏，对此达赖不满，遂与驻藏大臣发生尖锐矛盾。十三世达赖出逃印度，驻藏大臣联豫紧追不舍，于是达赖由亚东，逃到了印度大吉岭，受到英国官员的“热诚接待”。对此清朝政府又根据驻藏大臣的建议，宣布“革除”达赖名号，并要另找灵童代替，引起很大震动。但清政府不愿收回成命，只令驻藏大臣联豫派人前去印度，设法劝说十三世达赖回来。直到1912年(民国元年)袁世凯发表恢复十三世达赖名号的命令。同时，也加封了九世班禅。

1912年，十三世达赖从大吉岭回藏以后，达赖与班禅之间的关系，逐渐恶化。其原因是：1915年，达赖在日喀则设立了基宗(相当于内地行政专员公署)，任命僧官罗桑敦主、俗官木霞二人为基宗(后藏总官)。基宗的职权很大，他们除管辖达赖在后藏的所有宗谿之外，也管辖班禅所属四个宗和所有谿卡，这就侵犯了班禅的固有地位和职权。在设立了基宗之后，即向班禅辖区的百姓征收与摊派军粮税款和乌拉。这样就使班禅与达赖这间的关系日趋恶化。1916年班禅写信给达赖，指出基宗干涉寺政不当，并要求会晤，解决问题，达赖复信拒绝。到了1919年春，达赖同意班禅去拉萨会晤，但无结果。这样，一直到了1923年，达赖命令扎什伦布寺的几个负责官员前往拉萨，这几个官员到拉萨后，未经审问，即被投入监狱。当班禅得知这一消息后，感到是大祸临头的先光，如不逃走，势将危及自己的生命安全。于是立即决定，向内地出走。但他怕日喀则基发觉，作了必要安排。1923年11月15日夜，九世班禅领侍从15人，向北出走，无人知晓。三日之后，即11月18日晚，九世班禅的苏本堪布罗桑坚赞等100余人乘月色逃出，追赶班禅，疾行五日夜，才会合一起，直向藏北羌塘前进。由那里越唐古拉山脉，即入青海境內。1924年农历5月4入到达兰州，甘肃督军陆洪涛率领官员、军队数千人在兰州郊外迎接。班禅经过的街道皆用黄布铺路，扎了彩色牌坊，“备极庄严”。北洋政府大总统曹锟特派李乃芬为“迎护专员”，率卫队百人由北京前来兰州欢迎。从此，九世班禅在国内各地流浪了整整十四年之久。

1937年，当九世班禅回藏受阻以后，仍将行辕设在青海玉树大寺的甲拉颇章时，当时日军已侵占了北京、天津、上海等大城市，抗战形势日趋严重，班禅即从玉树捐献三万元，购公债二万元，并动员行辕全体同仁踊跃捐款，汇集前方，慰劳抗战将士及救济伤兵与难民。并在玉树寺诵经祈祷抗战早日胜利。同年11月4入，九世班饮食难进，每食即吐，左肋剧痛，不能安卧，而且日趋严重。到12月1日，在玉树大寺甲拉颇章宫内圆寂，享年五十四岁。1941年2月4日，九世班禅灵柩运到后藏，在扎什伦布寺建宝塔供养。

九世班禅的一生，是坎坷的一生，也是斗争的一生。九世班禅不仅佛学造诣极深，而且政治上也很成熟。早期他与十三世达赖共同领导了抗英斗争，晚年又积极从事抗日斗争，可说是一位勇敢的反对帝国主义的战士。至于他对祖国统一，民族团结的维护，更是始终一贯，坚持到死。因此，我们可以毫不夸张地说，九世班禅额尔德尼曲吉尼玛，是西藏近代史上一位杰出的反帝国主义领袖人物。