1206年，成吉思□统一蒙古草原各部，把卫队扩充 至万人，编成名为“怯薛”的禁卫军,平时轮番值宿,战 时充“大中军”，随大□出征；并将各部落按千户、百 户统编，成年男子均有出军之义务，上马备战斗，下马 屯聚牧养，实行兵牧合一的制度，使军事组织与社会组 织融为一体。1260年，元世祖忽必烈即位，政治重心南 移，军事制度也深受中原前代王朝的影响，加强中央集 权，组建侍卫亲军，但仍保留了蒙古部族军队的许多成 分。
　　皇帝统驭军事大权。下设枢密院，专掌军政，为最 高统军机构,其要职多由蒙古、色目贵族担任,征讨、戍守、简阅、差遣、举功等均由其秉承皇帝旨意统一管理。 元初和元末征战较多，往往分设行枢密院，就地节制军 事。行枢密院常冠以地域的名称，多为临时设置。中书 省设兵部，管理屯田牧养等事，有时并管领驿站。各地 军政则由行省丞相负责，通常也由蒙古、色目人担任。
忽必烈即位初年实施的治军应急措施，只能在短期内保证军 事优势。要在中原地区建立长期巩固的政权，必须像历代中原王 朝一样，建立起专制主义的中央集权体制。忽必烈在建立中枢统 治机构、确立大汗权威、划一税收制度的同时，大刀阔斧地改革 军队编制，集军权于中央，力求军政的统一，从军事上保证和加 强丁中央集权。
中统三年李璮的公开反叛是被镇压下去了，而其他的汉军将领，还是 “藩方侯伯，牙借棋置，各土其地，各分其民，父死子 继”，“各握重兵，多者五、七万，少者亦不下二、三万”，忽必烈难保 不再出一个李璮。对中原汉人世侯的权势加以控制，已经到不容 缓。李璮事件爆发之后，朝内臣僚纷纷要求罢削汉人世侯。忽必 烈也认为时机成熟了，他很快采取了一系列抑制汉军将领的措施。 兵、民分治 中统三年十二月，忽必烈颁发话令，命各路总 管身兼万户者，止理民政，不许参与军政。“诸路管民官理民事， 管军官掌兵戎，各有所司，不相统摄”,严格实行军民分治，改变 过去世侯之家尽操地方军、政、财权的现象。
削弱私家权力中统三年颁发新制，规定汉人将领“一门不 可兼掌兵、民之柄”，身兼兵、民职者，可自选一职任之。掌军的 将领，子弟不得再任军职。此令下后，史天泽一家“即日解兵符 者十七人”，张弘略、张弘彦、严忠范、严忠嗣、玉文干、 郑鼎、李毅、刘元礼、张宏等20余名汉军万户也先后交出兵权。 汉人世侯兵权既除，所统军队即不再为私家所有，各地汉军乃由 原来汉人世侯的私屑武装转变成蒙古国家控制的军队。 罢世侯，置牧守 以前汉人世侯父死子继，世代相承，自置 僚属，自建统治机构，实际上成为霸占一方的独立王国。为打破 世侯的传统势力，至元元年(1264年)十二月，忽必烈下令“罢 诸侯世守，立迁转法”，规定世侯死后，子孙“荫而不世”，届下官员均由中央迁调，“遂使天下大官、小职，咸知名器自朝廷出”。 废罢世侯，加强了中央集权，也使许多地方的民众摆脱了世侯的欺压。“至元之罢侯守，民盖有视其故侯如路人，甚至迫咎怒骂如仇者”，可见这一作法很受人们欢迎。
取消世侯封邑史天泽、张柔、严忠济等人原来的封邑，均 于至元二年前后收归朝廷，封户改隶民籍，归所在地区官府管领。 改变汉军奥鲁隶属关系 中统四年正月，“立十路奥鲁总管”， 规定各路汉军奥鲁不再归各汉军万户管领。汉军军户的科差赋税， 由河南、山东的统军司，东、西川的元帅府和陕西行户部分管。 “凡奥鲁官内有各万户弟、男及私人，皆罢之”。
易军而将 忽必烈削夺汉人世侯的权力，不是不再使用汉人 将领为蒙古政权效力，而是要去掉檀兵作乱的隐思。在汉军万户 大多交出本部军队兵权后，忽必烈仍然选择一些人赴前线指挥作 战，但不允许他们率领原来的属部。至元三年，忽必烈以董文炳 为邓州光化行军万户，掌史天泽旧部军；以史格为毫州万户，掌张柔旧部军，原由史格管领的邓州旧军则交付张弘范。其他汉军 也作了相应的调整。
设置监战万户和统军司为加强对汉军的控制和统一指挥， 中统四年正月，“增万户府监战一员，参议—员”。监战万户大多 由探马赤军将领充任，负责监视汉军万户的行动。前一年十二月， 在地方上始设统军司，掌管所在地区的汉军各万户，处理日常军务。
扩大质子军 原来分散在蒙古军中的质子军，大多掌握在忽 必烈手中，被安置在西京、宣德、平州、滦州等地屯驻。中统四 年二月，“沼诸路官员子弟入质”，乃是用传统的收纳质子的方法 来控制分散在各地的汉人、色目人军官和民官。官员子弟入充质子(秃鲁花)的规定为：万户和干户都要择子弟1人充秃鲁花，万户子弟需带马12匹、牛2具和4名种田人，干户子弟减半。充任 秃鲁花的人要携带妻子同来，所带从人不拘定数，马匹、牛具等多带者听便。任何官员不得隐匿亲干，以他人代役。无亲子或亲 子年幼者，可由弟侄代充。征招来的质子，编入原来的质子军中， 有些人可能进入了怯薛(护卫军)，成为大汗的宿卫士。 忽必烈抑制世侯的举动，得到了以史天泽为首的汉军将领的 积极配合，以和平的方式达到了集权的目的，对汉军组织进行了较彻底的改造，并使蒙占贵族和汉族地主阶级史紧密地结台在一起。