太平天国初期，辖境西至湖南岳州，长江都归掌握，拥有船只以万计。当时交通以船运为主。船运首先给太平天国的军事运输以极大的便利。每作战，都用船运军队，行则帆如疊雪，住则墙若叢蘆，船多势盛，所向无前，乘风急驶，飘忽靡常，使敌猝不及防，要取的城池，不战即得，敌人兵单无船，莫不望风披靡，完全丧失了防御的力量〔一〕。

　　船运同时给天京解决了粮食运输的大问题。天京粮食仰给于上游，以湖北、江西、安徽为大供给所，必须解决运输的大问题，始能够保证天京粮食的供应。东王杨秀清对这一个问题十分重视，他一再诰谕所司，其中有一道诰谕说道：「著尔某某乘坐水营左三军船一千三百条，配带兵士，前赴江西南昌、湖北武昌一带，收贡收粮，解归天京，不得违悮」！旋又诰谕所司说道：「尔某官某弟用船一千八百条，将黄州、汉阳妖魔驚走，所办粮米速用船全数装载天京，切勿违悮，务宜灵靈，不可为妖魔所抢」。复有诰谕褒奬恩赏丞相张子朋等说道：「湖北、黄陂、孝感、德安各处广有粮米，尔能骇走妖魔，解到粮米二万三千石，全行收到，足见灵靈有干」。当时天京粮食全靠船运，长江几千里，帆墙如林，粮米源源运入天京〔一〕。在癸好三年底，天京就存穀一百二十七万石，米七十五万石〔二〕。

　　同时，在商业方面，长江上下游商业运输也全靠船运。当时太平天国用船运淮鹽到湖北兴郭、蕲州、黄州一带卖于民间，回航又将湖北的布疋、棉花运回卖与安徽、江南百姓。运输便利，成本低廉，故商业繁盛，民生乐利。船运之功为多。

　　自甲寅四年，曾国藩水师东犯，船只初被焚于湘潭，再被焚于城陵矶，复被焚于汉阳小河、田家镇两役，计前后损失船只七、八千艘，船运局势从此不振。当时反革命分子就已经叫嚣说，太平天国今后不但不能运兵四出，且不能运粮回天京，认为焚船「为一伟绩」〔三〕。其后武昌、九江相继沦陷，船只被毁更多，长江辖境也愈蹙，船运就愈益衰微了。但是，在安庆还雄峙的时候，安庆以下的长江交通还在太平天国掌握，那时候，徵收江南数郡的粮米运出太乎郡城，徵收江北数郡的粮米运出裕溪口，用船运并输天京，清朝江南大营虽在城外围困，而太平天国仍擅长江船运的便利，挹不竭的来源〔一〕，故虽在危难之中，仍得争取时间，转危为安。及到辛酉十一年，安庆失守后，曾国藩从安庆进犯，芜湖、东西梁山、太平郡城、裕溪口等要隘都失陷，长江全为敌有，太平天国船运遂全部丧失，而天京的安全就受到根本性的威脅了。

　　壬戌十二年夏，曾国藩派其弟曾国荃带湘军进犯到天京。天王诏忠王李秀成从松江率军回救。李秀成回到苏福省开军事会议，指出敌人「由上而下，利在水军，我劳其逸，水道难争」，上奏天王主张坚守以老敌师。天王不从。这年九月，李秀成率各军回天京，进攻曾国荃湘军。在战事开始后十二天曾国藩在安庆就看出了太平军不能持久，他自己已操胜算。他写信给曾国荃说：「季弟所守江滨一段，系粮运至要之地，……季能稳慎有条，……又能联络水师使之乐为我用。……再过十日，贼若无如弟何，自必溃而之他。贼数闻以十万计，每日须食米千石，若无大舟搬运，何能持久。吾在徽用兵二载，深知陆路运米之难，即在金陵城内运至穀里村一带，数十里之内，月运三万石，经理亦极不易。况城贼之米未必肯多搬出耶？守事既稳以后，余惟多办银米、子药接济，弟可放心，断不缺乏。宁国守城之事已有把握。此后只求金柱关一带水师不挫，则处处皆稳矣」〔一〕。这一役，太平军的威力，虽然使曾国藩「心已用烂，胆已惊碎」〔二〕，但是，大战了四十三天，竟因为缺粮和运不到冬衣，无法持久，结果没有把敌人攻下而不得不撤退。双方的胜负，竟决定於谁的运输方便或困难。当时船运关系的重大可以想见。